aktivní forma DnaA je vázána na ATP. Ihned po rozdělení buňky je hladina aktivní DnaA v buňce nízká. Ačkoli aktivní forma DnaA vyžaduje ATP, tvorba komplexu oriC / DnaA a následné odvíjení DNA nevyžaduje hydrolýzu ATP.
oriC stránky v E. coli má tři NA bohaté 13 základní dvojice regionů (Poplatky), následuje čtyři 9 bp regiony s sekvence, NOTÁŘI, (C nebo A)CA(C nebo A). Kolem 10 DnaA molekuly se váží na 9 bp regiony, které zábal kolem proteinů, což způsobuje DNA na at bohaté oblasti k odpočinku. V oriC je 8 vazebných míst DnaA, na které se DnaA váže s diferenciální afinitou. Když se chystá replikace DNA, DnaA zabírá všechna vazebná místa s vysokou a nízkou afinitou. Denaturovaná oblast bohatá na AT umožňuje nábor DnaB (helicase), která se komplexuje s DnaC (helicase loader). DnaC pomáhá helikáze vázat se a správně přizpůsobit ssDNA v oblasti 13 bp; toho je dosaženo hydrolýzou ATP, po které se uvolní DnaC. Jednovláknové vazebné proteiny (SSB) stabilizují jednotlivé řetězce DNA, aby se udržela replikační bublina. DnaB je 5’→3′ helikáza, takže se pohybuje na zaostávajícím řetězci. Spojuje se s DnaG (primáza), aby vytvořil jediný primer pro přední řetězec a přidal RNA primery na zaostávající řetězec. Interakce mezi DnaG a DnaB je nezbytná pro kontrolu délky fragmentů Okazaki na zaostávajícím řetězci. DNA polymeráza III je pak schopna zahájit replikaci DNA.
DnaA se skládá ze čtyř domén: první je N-terminál, který spojuje s regulačními proteiny, druhý je spirálová linker regionu, třetí doména je AAA+ oblasti, které se váže k ATP, a čtvrtý je doména C-koncové DNA vazebné oblasti. DnaA obsahuje dva konzervované regiony: první se nachází v centrální části proteinu a odpovídá ATP-vazebnou doménu, druhý se nachází v C-koncové polovině a je zapojen do DNA-binding.