Der Bürgerkrieg teilte Tennessee genauso wie die Nation.
Als der Staat im Februar 1861 zum ersten Mal über die Sezession abstimmte, lehnten die Tennesseaner den Austritt aus der Union ab. Eine zweite Abstimmung fand im Juni 1861 statt, nach dem Beschuss von Fort Sumter und Lincolns Ruf nach Tennessee für Soldaten; 105.000 stimmten dafür, die Union zu verlassen, 47.000 dagegen. West Tennesseaner, deren Plantagenwirtschaft sich auf die Arbeit der Versklavten stützte, unterstützten die Sezession, bevor die Streitkräfte der Vereinigten Staaten 1861 auf Fort Sumpter feuerten. East Tennesseans, die weit weniger versklavte Menschen besaßen, lehnte die Sezession zwei zu eins ab. Middle Tennesseans waren zwischen bekennenden Sezessionisten und ambivalenteren Unionisten gespalten. Obwohl der Staat letztendlich dafür stimmte, die Union zu verlassen (und es war der letzte Staat, der dies tat), blieb East Tennessee während des Krieges eine Hochburg der unionistischen Stimmung, und viele der 31.000 Tennesseaner, die in der United States Army dienten, kamen aus East Tennessee.
Während des Bürgerkriegs waren Tennessees Flüsse und Schienen kritische Arterien zum tiefen Süden, und sowohl die Vereinigten Staaten als auch die konföderierten Streitkräfte kämpften hart, um sie in großen Schlachten wie Fort Donelson, Shiloh, Stones River, Chattanooga, Franklin und Nashville zu kontrollieren. Mitte 1862 besetzte die Unionsarmee einen Großteil von Middle und West Tennessee, während die Konföderierten den größten Teil von East Tennessee festhielten. Konföderierte irreguläre Kräfte starteten wiederholt Guerillakampagnen gegen die Besatzungstruppen der USA und hielten das westliche Theater des Bürgerkriegs während des gesamten Konflikts aktiv. In ähnlicher Weise inszenierten US-Irreguläre Razzien und Angriffe in East Tennessee. Gewöhnliche Tennesseaner waren während des Krieges mit enormen Schwierigkeiten konfrontiert, ihr Eigentum verlieren, Stabilität, und Leben. Versklavte Tennesseer flohen über die Bundesgrenzen und suchten nach Freiheit, nur um in Schmuggellagern festgehalten zu werden; unter diesen nahmen arbeitsfähige afroamerikanische Männer die gefährlichsten und am wenigsten wünschenswerten Aufgaben der Kriegsführung als Teil der United States Colored Troops (U.S.C.T.) an.
Nach dem Ende des Bürgerkriegs im Jahr 1865 wurde Tennessee der erste Sezessionsstaat, der sich den Vereinigten Staaten anschloss, was den Beginn des Wiederaufbaus und eine jahrhundertelange Bemühung markierte, eine Gesellschaft neu zu gestalten, in der Menschen aller Hautfarben die vollen Rechte der Staatsbürgerschaft genossen.
Fotografie von Schmuggelware, einem versklavten Mann, der während des Bürgerkriegs über die Bundesgrenzen geflohen ist.
Kurtz & Allen c1891 Druck der Schlacht von Nashville. Beachten Sie die USCT im Hintergrund sichtbar.