1969 kommt Henry Brubaker als Insasse verkleidet im Wakefield State Prison in Arkansas an. Er wird sofort Zeuge von zügellosem Missbrauch und Korruption, einschließlich offener und endemischer sexueller Übergriffe, Folter, wurmgeschlagener kranker Nahrung, Betrug, und zügellose Transplantation. Während einer dramatischen Pattsituation mit Walter, Ein gestörter Gefangener, der in Einzelhaft gehalten wurde, Brubaker offenbart sich als neuer Gefängniswärter, zum Erstaunen von Gefangenen und Beamten gleichermaßen.
Brubaker versucht, das Gefängnis mit Blick auf die Rehabilitation von Gefangenen und die Menschenrechte zu reformieren, und stößt dabei häufig mit korrupten Beamten des staatlichen Gefängnisamtes zusammen, die seit Jahrzehnten von Transplantationen profitieren. Er rekrutiert mehrere langjährige Gefangene, darunter Trustys Larry Lee Bullen, Richard „Dickie“ Coombes und den ehemaligen Aufseher Purcell (der den skrupellosen Trustys heimlich treu bleibt), um ihn bei der Reform zu unterstützen. Lillian Gray, eine PR-Spezialistin für das Büro des Gouverneurs, versucht auch, Brubaker zu beeinflussen, um das Gefängnis so zu reformieren, dass der Gouverneur in ein positives Licht gerückt wird.
Um das Gefängnis zu verbessern, feuert Brubaker seinen krummen Buchhalter, der angeblich illegale Lebensmittel für Insassen aufbaute, aber tatsächlich verkaufte, um Gewinn zu erzielen, wirft den ehemaligen Gefängnisarzt aus der Einrichtung, als er erfährt, dass Insassen wegen medizinischer Behandlung angeklagt wurden, und brennt eine illegale Vergnügungshütte auf dem Gefängnisgelände nieder, in der der einflussreiche treue Huey Rauch und seine Freundin Carol lebten. Nach einem fehlerhaften Dacheinsturz in der Gefängnisbaracke trifft sich Brubaker mit C.P. Woodward, einem Holzverkäufer und langjährigen Teilnehmer des Gefängnistransplantationsprogramms. Brubaker beschuldigt Woodward, Gefangene als Sklavenarbeit eingesetzt und absichtlich Vertragsgeld eingesteckt zu haben, während er absichtlich ein schäbiges, nicht versichertes Dach gebaut hat, und kündigt Woodwards Vertrag. Er beaufsichtigt auch die Bildung eines Insassenrates, der es den Insassen ermöglicht, sich selbst zu regieren. Während der ersten Sitzung des Häftlingsrates zieht Abraham Cook, ein älterer schwarzer Häftling, der drei Jahre nach dem Ende seiner Haftstrafe noch inhaftiert ist, Brubaker beiseite und gesteht, dass er angewiesen wurde, Särge für ermordete Gefangene zu bauen. Eddie Caldwell, ein sadistischer Treuhänder, bemerkt es und er, Purcell und Rauch locken Abraham auf die medizinische Abteilung, wo er mit einem Tucker-Telefon gefoltert wird. Brubaker nimmt an der Sitzung des Gefängnisausschusses teil, wo er entdeckt, dass viele der Mitglieder über die Störung ihrer Transplantationspläne durch seine Reformen wütend sind und kein Interesse daran haben, Geld in die Verbesserung des Gefängnisses zu investieren. Brubaker beschuldigt den Leiter des Gefängnisausschusses, John Deach, das Gefängnis durch Versicherungspolicen für nicht vorhandene landwirtschaftliche Geräte betrogen zu haben (während er die Gefängnisgebäude unversichert ließ), bevor er aus dem Treffen stürmte.
Am Morgen nach der Sitzung des Gefängnisvorstands erwacht Brubaker und entdeckt Abrahams Leiche, die am Fahnenmast des Gefängniswärters aufgehängt ist. Bei der Ausgrabung des Gebiets, das Abraham ihm offenbarte, entdeckt Brubaker mehrere unmarkierte Gräber, die Leichen von gewaltsam verstorbenen Gefangenen enthalten. Die Nachricht erreicht das Büro des Gouverneurs, und Gray versucht zusammen mit Edwards, einem liberalen Mitglied des Gefängnisausschusses, und dem korrupten Senator Hite, Brubaker davon zu überzeugen, die Ausgrabung von Gräbern mit dem Versprechen der Finanzierung des Gefängnisses einzustellen. Brubaker weigert sich und setzt die Ausgrabungen fort. Rauch beklagt grob Abrahams Geständnis, und Coombes, der Rauchs Beteiligung an Abrahams Tod kennt, bedroht Rauch, der dann aus dem Gefängnis entkommt und sich in einem lokalen Restaurant versteckt. Brubaker und mehrere Trustys verfolgen ihn, und in der daraus resultierenden Schießerei werden Bullen und Rauch getötet. Aufgrund der Verschüttung von Gewalt außerhalb der Gefängnismauern, Der Vorstand feuert Brubaker und hält eine Anhörung über die exhumierten Leichen ab, bei der der Vorstand weiterhin über ihre Herkunft lügt. Brubaker kommt herein und macht einen Kommentar über das Sparen von Steuergeldern, indem er Gefangene erschießt, anstatt sie nach Wakefield zu schicken, was Deach wütend macht. Brubaker geht und Gray folgt ihm und fleht ihn an, Kompromisse einzugehen, aber er weigert sich, Kompromisse wegen Mordes einzugehen.
Brubaker verlässt das Gefängnis, als der neue Aufseher Rory Poke zu den Gefangenen spricht. Coombes nähert sich Brubaker und sagt ihm einfach: „Du hattest Recht.“ Coombes beginnt zu klatschen, und die Sträflinge ignorieren Poke und nähern sich dem Zaun und klatschen einem tränenreichen Brubaker zum Abschied.
Eine Pre-Credits-Titelkarte liest:
Zwei Jahre nach der Entlassung von Henry Brubaker klagten 24 Insassen, angeführt von Richard „Dickie“ Coombes, gegen das Wakefield-Gefängnis. Das Gericht entschied, dass die Behandlung von Gefangenen in Wakefield verfassungswidrig war und ordnete an, das Gefängnis zu reformieren oder zu schließen.Der Gouverneur wurde nicht wiedergewählt.