“ A Milhouse Divided“ ist die einzige Episode, für die Steve Tompkins alleinige Schreibrechte hat, obwohl er seit mehreren Jahren Teil des Schreibstabs war. Die Autoren wollten eine Episode machen, in der sich ein Paar scheiden ließ. Die Van Houtens wurden ausgewählt, weil die Autoren das Gefühl hatten, neben Marge und Homer und den Lovejoys das am weitesten entwickelte Paar zu sein. In der Szene in der Folge „Sideshow Bob’s Last Gleaming“, in der Milhouse in einem Jet vorgibt, Raketen auf seine Eltern abzufeuern, kamen sie auf die Idee, die Ehe seiner Eltern in Schwierigkeiten zu bringen.
Ursprünglich konzentrierte sich die Episode auch auf die Auswirkungen der Scheidung auf Milhouse und es gab eine Nebenhandlung, in der Bart eifersüchtig auf Milhouse war und wünschte, Marge und Homer würden sich ebenfalls trennen. Für die Episode wurden mehrere Szenen geschrieben und animiert, aber letztendlich wurden sie geschnitten, weil das Drehbuch sehr lang war. Eine ähnliche Idee würde als Handlungspunkt in der Saison verwendet werden 17 Folge „Milhouse of Sand and Fog“. Der dritte Akt der Episode verlagert den Fokus von den Van Houtens auf Homer und Marge, weil die Autoren der Meinung waren, dass die Charaktere das Interesse des Publikums für eine ganze Episode nicht tragen könnten. Bill Oakley hat gesagt, dass er der Meinung war, dass die Episode gescheitert wäre, wenn sie für den dritten Akt bei den Van Houtens geblieben wären, und die meisten anderen Autoren fanden auch, dass es der richtige Schritt war.
Die Idee für die Dinnerparty kam von Oakley, der eine Party ähnlich der in „Der Krieg der Simpsons“ haben wollte. Für die zweite Hälfte der Episode, Luann wurde neu gestaltet, um jugendlicher auszusehen, und erhielt ein neues Outfit. Ein großer Name Sänger wurde ursprünglich gesucht „Can I Borrow a Feeling zu singen?“ über den Abspann. Die Autoren wollten Sheryl Crow, aber sie lehnte ab und das Konzept wurde später fallen gelassen.