Nachdem Allen im Alter von 18 Jahren einen Sohn hatte, brachen die Zwillinge die High School ab und begannen bald als Teenager, an Musikvideos zu arbeiten und für Künstler wie Tone Loc und Tupac Shakur Regie zu führen. Ihr erster Spielfilm, Menace II, wurde 1993 bei den Filmfestspielen von Cannes uraufgeführt. Zentriert auf schwarze, entrechtete Jugendliche, wurde es mit einem Budget von 3,5 Millionen Dollar gemacht, als sie 20 Jahre alt waren. Tyger Williams schrieb das Drehbuch, und teilte Geschichte Kredit mit den Brüdern. Es wurde sowohl ein kritischer als auch ein Kassenerfolg und wurde für einen Independent Spirit Award für den besten ersten Spielfilm nominiert. Aufgrund ihrer bisherigen Erfahrung in der Regie von Musikvideos, Sie waren das erste Geschwisterduo seit Jerry und David Zucker, die von der Directors Guild of America auf einen Verzicht auf die Aufnahme von Co-Credits als Regisseure verzichteten.
Ihr zweiter Film war Dead Presidents im Jahr 1995. Der Umgang mit der schwarzen Unterschichtgesellschaft wie ihr Spielfilmdebüt, und auch mit Larenz Tate, Der Film konzentrierte sich auf Kriegsveteranen während der rassistisch aufgeladenen Ära des Vietnamkriegs. Der Film, der auf dem New York Critics Film Festival veröffentlicht wurde, konnte nicht so viel Gewinn erzielen wie ihr erster Film. Sie folgten Dead Presidents mit American Pimp, einem abendfüllenden Dokumentarfilm über die Zuhälterkultur im Untergrund und die Ausbeutung von Frauen. Es wurde 1999 auf dem Sundance Film Festival uraufgeführt. Sie hatten ursprünglich eine Adaption von Iceberg Slims Roman Pimp geplant, aber jemand anderes erwarb die Rechte. Die Brüder haben erklärt, dass die Perspektive des Films teilweise durch die Erziehung durch ihre Mutter geprägt wurde, Wer ist ein Feminist. Zwischen den Projekten filmten sie mehrere öffentliche Ankündigungen gegen Handfeuerwaffen.
In Abkehr von ihrem vorherigen Material führten die Hughes-Brüder gemeinsam Regie From Hell, die 2001 Verfilmung von Alan Moores gleichnamigem Graphic Novel über die Jack-the-Ripper-Morde im viktorianischen England mit Johnny Depp und Heather Graham. Von einigen Kritikern als zu gewalttätig und blutig angesehen, musste der Film geschnitten werden, um eine NC-17-Bewertung durch die MPAA zu vermeiden. Wie vom Star des Films beschrieben, gab es manchmal Meinungsverschiedenheiten zwischen den Zwillingen bezüglich der Richtung des Films. Zum Beispiel war die Menge der gezeigten Gewalt ein Streitpunkt zwischen den beiden; ein Bruder dachte, dass die Brutalität gezeigt werden sollte, während der andere glaubte, dass implizite Gewalt ausreichen würde.
Ihr einziger gemeinsamer Film seit From Hell aus dem Jahr 2001 war das postapokalyptische Drama Book of Eli für Warner Bros., das im Januar 2010 veröffentlicht wurde.
2006 wurden die Brüder als Regisseur von The Iceman, einem Film über den Serienmörder Richard Kuklinski, angekündigt, der jedoch schließlich von Ariel Vromen inszeniert und 2012 veröffentlicht wurde. Sie sollten auch eine Filmversion der klassischen TV-Serie Kung Fu inszenieren. Es wurde im Jahr 2010 angekündigt, dass die Brüder angezapft wurden, um eine Live-Action-Adaption des 1988 Manga Akira zu leiten, aber sie verließen das Projekt im Jahr 2011.
Als Team arbeitet Allen normalerweise mit den Schauspielern zusammen, während Albert sich um die technischen Aspekte ihrer Filme kümmert.