Als Führer der Unabhängigkeitsbewegung wurde er in Valladolid, Michoacán, geboren. Von 1779 bis 1790 arbeitete er auf der Zuckerrohrfarm von Tahuejo in Apatzingán, vielleicht als Angestellter oder Buchhalter. 1790 trat er in das San Nicolás Obispo College in Valladolid ein, wo er lateinische Grammatik, Rhetorik, Philosophie und Ethik studierte. 1795 studierte er am Tridentino-Seminar in derselben Stadt Moraltheologie und Philosophie. Im April 28, Morelos reiste nach Mexiko-Stadt, um seine Prüfungen für einen Bachelor of Arts an der Real and Pontificia University abzulegen. Am 13. Dezember erhielt er die erste Schur und die vier Nebenorden von Valladolid und sechs Tage später wurde er Unterdiakon. Anfang 1796 zog er als Hilfspriester nach Uruapan und leitete den Unterricht in Grammatik und Rhetorik. Im September desselben Jahres wurde er in Valladolid zum Diakon geweiht und am 21.Dezember 1779 in derselben Stadt zum Priester geweiht.
Anfang Oktober 1810 hörte Morelos die Nachricht von Hidalgos Aufstand und ging am neunzehnten dieses Monats, um ihn zu finden. Er holte Hidalgo am nächsten Tag ein und sprach mit ihm in Charo e Indaparapeo. Morelos wurde beauftragt, die Waffen an der Südküste zu heben. Am 13. November griffen Morelos und seine Truppen zum ersten Mal den Feind an und standen den royalistischen Streitkräften von Luis Calatayud in El Veladero gegenüber. Im November 17, Morelos erließ ein Edikt zur Unterdrückung der Sklaverei, Kasten und Gemeinschaftsfonds. Seine Aktivitäten beunruhigten den Vizekönig, der Francisco París schickte, um gegen ihn zu kämpfen. París verlobte ihn am 8. Dezember in El Veladero, wurde aber zurückgewiesen.
Am 3. Mai 1811 ernannte Morelos Hermenegildo Galeana zu seinem Leutnant. Am 26. Mai eroberte Morelos Tixtla, wo sich ihm Vicente Guerrero anschloss. Dort veröffentlichte er ein Edikt über die Ausgabe einer inländischen Kupferwährung und schrieb an Ignacio López Rayón über die Bildung eines Rates für den Aufstand. Am 18. Dezember schloss sich Mariano Matamoros ihm an, und am 18.Februar 1812 fiel Morelos in Cuautla fast in die Hände von Calleja. Am 10. August kam Morelos in Tehuacán an, wo er seine Truppen neu organisierte und ausbildete und die Kontrolle über die Rebellenbewegung übernahm. Im September desselben Jahres ernannte er Matamoros zum zweiten Kommandeur und Galeana zum Marschall.
Am 18.Oktober besiegten Porlier und Luis del Águila Morelos im Ojo de Agua. Er eroberte Orizaba am neunundzwanzigsten, aber bei seiner Rückkehr nach Tehuacán besiegte Luis del Águila ihn erneut in Puente Colorado auf den Acutzingo-Kämmen. Morelos nahm Oaxaca am 25. November und dort begann die Veröffentlichung der Zeitung Sud. Am 12. April 1813 eroberte er Acapulco und reiste am 31.August nach Chilpancingo, wo er am 14. September den Kongress mit der Wahl der Abgeordneten und der Verlesung seiner Sentimientos de la Nación (Gefühle der Nation) eröffnete. Am folgenden Tag wählte ihn der Kongress zum Oberbefehlshaber der Exekutive und erließ am 6. November sein Unabhängigkeitsgesetz.
Am 23.Dezember jagten Ciriaco de Llano und Agustín de Iturbide Morelos aus den Hügeln von Santa María. Er zog sich nach Chupío und Puruarán zurück, wo er eine weitere Niederlage erlitt. In Tlacotepec entließ ihn der Kongress als Oberbefehlshaber. Er erlitt eine weitere Niederlage in Las Ánimas. Er marschierte später auf Tecpan und Acapulco, und der Kongress entfernte ihn von der Exekutive am 14.März 1814. Am 11.Oktober traf sich Morelos mit José María Cos in Santa Clara del Cobre. Er ging weiter nach Ario, verfolgt von den Royalisten, und kam in Apatzingán an, wo der Kongress sein Verfassungsdekret für die Freiheit Mexikanisch-Amerikas veröffentlichte.
Der Kongress beschloss, aufgrund des royalistischen Strebens nach Tehuacán zu ziehen, und Morelos übernahm die Verantwortung dafür. Am 28.September 1815 reiste er nach Huetamo, Cutzamala und Tlachapa und kam am 2. November in Atenango del Río an. Am nächsten Tag kam er in Temalaca an und am fünften, als er in Richtung Pilcaya unterwegs war, wurde er von Concha angegriffen und von Matías Carrasco, einem ehemaligen Aufständischen, gefangen genommen. Er kam am zweiundzwanzigsten in Mexiko-Stadt an, und am siebenundzwanzigsten wurde er zum Ketzer erklärt und im Rang herabgestuft. Am 20. Dezember verurteilte ihn Calleja zum Tode. Morelos wurde in San Cristóbal Ecatepec erschossen.
1828 erhielt die Stadt, in der Morelos geboren wurde, den Namen Morelia. 1869 verfügte Benito Juárez die Gründung des Staates, der seinen Namen trägt. Am 16.September 1925 wurden seine sterblichen Überreste in die Unabhängigkeitssäule gebracht.