Am 1. Januar 1918 trafen sich 12 Studenten aus vier Staaten mit Nora Chambers in einem Raum im Obergeschoss des Church of God Publishing House in Cleveland, Tennessee. Dieses erstklassige Treffen der Church of God’s Bible Training School (BTS) führte zur Gründung der Lee University. Anfangs war Chambers das einzige Fakultätsmitglied, und das Dutzend Studenten bildete die gesamte Studentenschaft. Die ersten beiden Absolventen erwarben ihre Diplome im April 1919, und im September 1919 wurde ein Korrespondenzprogramm eingeleitet, das die Einschreibung der Schule auf insgesamt 788 Schüler erhöhte. In den folgenden Jahrzehnten erweiterte die BTS ihre Fakultät und ihren Lehrplan und zog 1938 auf einen Campus in Sevierville.
1947 zog BTS zurück nach Cleveland, besetzte einen kürzlich erworbenen größeren Campus und wurde Lee College zu Ehren von Flavius J. Lee, einem frühen Führer der Konfession und zweiten Präsidenten der Schule, genannt. Das College erweiterte seinen Schwerpunkt, um sowohl Bibelstudien als auch traditionelle freie Künste in einen vierjährigen Lehrplan aufzunehmen. 1959 wurde das Lee’s Bible College von der Accrediting Association of Bible Colleges akkreditiert, und 1960 wurde ein Junior College von der Southern Association of Colleges and Schools (SACS) akkreditiert. Im Jahr 1969 gewährte SACS Lee volle Akkreditierung als Vier-Jahres-Liberal Arts College. Von den 1970er Jahren bis in die frühen 1990er Jahre erlebte Lee ein enormes Wachstum und erhöhte seine Einschreibung auf mehr als 2.600 Studenten, was es zu einem der größten und am schnellsten wachsenden privaten Colleges in Tennessee machte. In den 1990er Jahren fügte das College seinen achtundzwanzig Bachelor-Majors sein erstes Graduiertenprogramm hinzu, einen Master of Church Music. Im Jahr 1996 besuchten Studenten aus sechsundvierzig Bundesstaaten und siebenundzwanzig Ländern den Unterricht auf dem sechzig Hektar großen Campus in der Innenstadt von Cleveland.
1996 beschloss der Vorstand des Lee College, die Schule dramatisch zu verändern, indem er einen Plan für die Institution aufstellte, der eine Reorganisation und Benennung als Lee University vorsah. Am 1. August 1997 wurde die Lee University offiziell eingerichtet; Es umfasste vier akademische Einheiten: ein College of Liberal Arts and Sciences, eine Musikschule, eine School of Ministry und ein College of Education. Der Vorstand ließ die Mission, die institutionellen Ziele, die Richtlinien und die Betriebsverfahren der Institution unberührt. Die enge Bindung der Lee University an ihre Mutterkonfession und ihr Engagement für eine qualitativ hochwertige, erschwingliche Bildung in einem christlichen Kontext bestimmen daher weiterhin die Prioritäten der Institution. Die Lee University ist seit ihrer Gründung koedukativ geblieben und betreibt im Einklang mit ihrem pfingstlerischen Erbe das Pentecostal Research Center, das über die umfangreichsten Sammlungen zum Pfingstlertum verfügt. Entschlossen, seine breiter angelegte christliche Identität zu bewahren, Die Lee University identifiziert sich als „Ein Campus, auf dem Christus König ist.“