vuonna 1969 Henry Brubaker saapuu Wakefieldin Osavaltiovankilaan Arkansasissa vangiksi naamioituneena. Hän näkee heti rehottavaa hyväksikäyttöä ja korruptiota, kuten avointa ja yleistä seksuaalista väkivaltaa, kidutusta, matojen runtelemaa sairasta ruokaa, petoksia ja rehottavaa siirtelyä. Dramaattisessa pattitilanteessa, johon liittyy Walter, mielenvikainen vanki, jota pidettiin eristyssellissä, Brubaker paljastaa olevansa Uusi vankilanjohtaja, sekä vankien että viranomaisten hämmästykseksi.
Brubaker yrittää uudistaa vankilaa pitäen silmällä vankien kuntoutusta ja ihmisoikeuksia, ottaen usein yhteen korruptoituneiden valtion vankilan johtokunnan virkamiesten kanssa, jotka ovat hyötyneet siirteestä vuosikymmeniä. Hän värvää useita pitkäaikaisia vankeja, kuten luottomies Larry Lee Bullenin, Richard ”Dickie” Coombesin ja entisen vankilanjohtajan virkailija Purcellin (joka salaa pysyy uskollisena häikäilemättömille luottomiehille) auttamaan häntä uudistuksessa. Myös kuvernöörin toimiston PR-asiantuntija Lillian Gray yrittää vaikuttaa Brubakeriin uudistaakseen vankilaa tavalla, joka asettaisi kuvernöörin myönteiseen valoon.
parantaakseen vankilaa Brubaker erottaa Kieron kirjanpitäjänsä, joka on rakentanut kätkön laittomia elintarvikkeita näennäisesti vangeille, mutta todellisuudessa myynyt niitä tuottaakseen voittoa, heittää entisen vankilan lääkärin ulos laitoksesta, kun hän saa tietää, että vankeja syytettiin sairaanhoidosta, ja polttaa vankilan alueella laittoman huvimajan, jossa vaikutusvaltainen Huey Rauch ja hänen tyttöystävänsä Carol asuivat. Vankilan parakeissa tapahtuneen viallisen katon sortumisen jälkeen Brubaker tapaa C. P. Woodwardin, puutavaranmyyjän ja vankilasiirtohankkeen pitkäaikaisen osanottajan. Brubaker syyttää Woodwardia vankien käyttämisestä orjatyövoimana ja sopimusrahan tahallisesta pussittamisesta rakentaessaan tarkoituksellisesti surkeaa, vakuuttamatonta kattoa, ja irtisanoo Woodwardin sopimuksen. Hän myös valvoo vankineuvoston muodostamista, jolloin vangit voivat hallita itseään. Vankineuvoston ensimmäisessä kokouksessa Abraham Cook, iäkäs musta vanki, joka on edelleen vangittuna kolme vuotta tuomionsa päättymisen jälkeen, vetää Brubakerin syrjään ja tunnustaa, että häntä oli ohjeistettu rakentamaan arkkuja murhatuille vangeille. Eddie Caldwell, sadistinen edunvalvoja, huomaa asian, ja hän, Purcell ja Rauch houkuttelevat Abrahamin lääkintäosastolle, jossa häntä kidutetaan Tucker-puhelimella. Brubaker osallistuu vankilan hallituksen kokoukseen, jossa hän huomaa, että monet jäsenistä ovat raivoissaan siirtohankkeidensa häiriintymisestä hänen uudistustensa kautta, eivätkä ole kiinnostuneita sijoittamaan rahaa vankilan parantamiseen. Brubaker syyttää vankilan johtokunnan johtajaa John Deachia siitä, että hän oli huijannut vankilaa olemattomien maatalouslaitteiden vakuutusten avulla (poistuessaan vankilan rakennuksista vakuuttamatta) ennen kuin ryntäsi ulos kokouksesta.
vankilan johtokunnan kokouksen jälkeisenä aamuna Brubaker herää ja löytää Abrahamin ruumiin ripustettuna vankilanjohtajan asunnon lipputangosta. Kaivaessaan Abrahamin paljastamaa aluetta Brubaker löytää useita merkitsemättömiä hautoja, joissa on väkivaltaisesti kuolleiden vankien ruumiita. Sana saavuttaa kuvernöörin toimistossa, ja Gray, rinnalla Edwards, liberaali jäsen vankilan hallituksen, ja korruptoitunut valtion senaattori Hite, yrittää vakuuttaa Brubaker lopettaa kaivaminen hautoja lupaus rahoitusta vankilan, yrittää vakuuttaa hänelle hän on sen sijaan löytänyt vanhan kerjäläisen hautausmaa. Brubaker kieltäytyy ja jatkaa kaivauksia. Rauch valittaa tylysti Abrahamin tunnustusta, ja Coombes, joka tietää Rauchin osallisuuden Abrahamin kuolemaan, uhkaa Rauchia, joka sitten pakenee vankilasta ja piiloutuu paikalliseen ravintolaan. Brubaker ja useat trustyt ajavat häntä takaa, ja seuranneessa tulitaistelussa Bullen ja Rauch saavat surmansa. Vankilan muurien ulkopuolelle leviävän väkivallan vuoksi lautakunta erottaa Brubakerin ja järjestää kuulemisen ylös kaivetuista ruumiista, jossa lautakunta jatkaa valehtelua niiden alkuperästä. Brubaker kävelee sisään ja kommentoi säästävänsä veronmaksajien rahoja ampumalla vankeja sen sijaan, että lähettäisi heidät Wakefieldiin, mikä raivostuttaa Deachin. Brubaker lähtee ja Gray seuraa häntä ja pyytää häntä tekemään kompromissin, mutta hän ei suostu tekemään kompromissia murhasta.
Brubaker poistuu vankilasta, kun uusi vankilanjohtaja, kovan linjan kurinpitäjä Rory Poke puhuttelee vankeja. Coombes lähestyy Brubakeria ja kertoo hänelle yksinkertaisesti: ”olit oikeassa.”Coombes alkaa taputtaa, ja vangit eivät piittaa Pokesta ja lähestyvät aitaa, taputtaen jäähyväiset kyynelehtivälle Brubakerille.
Pre-credit-nimikortilla lukee:
kaksi vuotta Henry Brubakerin potkujen jälkeen-24 vankia Richard ”Dickie” Coombesin johdolla nosti kanteen Wakefieldin vankilaa vastaan. Oikeus totesi Wakefieldin vankien kohtelun perustuslain vastaiseksi ja määräsi vankilan uudistettavaksi tai suljettavaksi.Kuvernööriä ei valittu uudelleen.