sisällissota jakoi Tennesseen samalla tavalla kuin kansakuntakin.
kun osavaltio ensimmäisen kerran äänesti eroamisesta helmikuussa 1861, Tennesseeläiset torjuivat unionista eroamisen. Toinen äänestys järjestettiin kesäkuussa 1861 Fort Sumterin tulituksen ja Lincolnin Tennesseehen lähettämän sotilaskutsun jälkeen; 105 000 äänesti unionista eroamisen puolesta ja 47 000 vastaan. Länsi-Tennesseeläiset, joiden plantaasitalous nojasi orjuutettujen työhön, kannattivat irtautumista ennen kuin Yhdysvaltain joukot tulittivat Fort Sumpteria vuonna 1861. Itätennesseläiset, jotka omistivat paljon vähemmän orjuutettuja ihmisiä, vastustivat eroamista kahdella yhtä vastaan. Keski Tennesseeläiset olivat jakautuneet tunnustautuneisiin separatisteihin ja ambivalenttisempiin Unionisteihin. Vaikka valtio lopulta äänesti jättää unionin (ja se oli viimeinen valtio tehdä niin), East Tennessee pysyi linnake unionisti tunteita koko sodan ja monet 31,000 Tennesseeläiset jotka palvelivat Yhdysvaltain armeija tuli East Tennessee.
sisällissodan aikana Tennesseen joet ja kiskot olivat kriittisiä valtaväyliä syvälle etelään, ja sekä Yhdysvaltain että Konfederaation joukot taistelivat ankarasti niiden hallitsemiseksi suurissa taisteluissa kuten Fort Donelson, Shiloh, Stones River, Chattanooga, Franklin ja Nashville. Vuoden 1862 puolivälissä Unionin armeija miehitti suuren osan Keski-ja Länsi-Tennesseestä, kun taas Etelävaltiot pitivät kiinni suurimmasta osasta Itä-Tennesseetä. Konfederaation epäsäännölliset joukot käynnistivät toistuvia sissisotaretkiä Yhdysvaltain miehittäjiä vastaan pitäen sisällissodan läntisen teatterin aktiivisena koko konfliktin ajan. Vastaavasti yhdysvaltalaiset irstailijat järjestivät ratsioita ja hyökkäyksiä Itä-Tennesseessä. Tavalliset Tennesseeläiset kohtasivat sodan aikana suunnattomia vaikeuksia ja menettivät omaisuutensa, vakautensa ja elämänsä. Orjuutetut Tennesseeläiset pakenivat liittovaltion rajojen yli etsiessään vapautta vain tullakseen pidätetyiksi salakuljetusleireille.; näistä kyvykkäät afroamerikkalaiset miehet ottivat sodankäynnin vaarallisimmat ja vähiten halutut tehtävät osana Yhdysvaltain värillisiä joukkoja (U. S. C. T.).
sisällissodan päätyttyä vuonna 1865 Tennesseestä tuli ensimmäinen irtautuva osavaltio, joka liittyi jälleen Yhdysvaltoihin, mikä merkitsi jälleenrakennuksen alkua ja vuosisadan mittaista yritystä luoda uudelleen yhteiskunta, jossa kaikenvärisillä ihmisillä oli täydet kansalaisoikeudet.
valokuvassa luki ”contraband”, orjuutettu mies, joka pakeni yli liittovaltion rajojen sisällissodan aikana.
Kurtz & Allen c1891 tulosta Nashvillen taistelusta. Huomaa taustalla näkyvä USCT.