aktiivinen muoto DnaA on sitoutunut ATP: hen. Välittömästi solun jakautumisen jälkeen aktiivisen DnaA: n taso solun sisällä on alhainen. Vaikka DNAa: n aktiivinen muoto vaatii ATP: tä, oriC/DnaA-kompleksin muodostuminen ja sitä seuraava DNA: n purkautuminen ei vaadi ATP: n hydrolyysiä.
E. colin oriC-kohdassa on kolme runsaalla 13 emäsparin alueella(DUEs), joita seuraa neljä 9 bp: n aluetta, joiden sekvenssi on Ttat(C tai A)CA (C tai A)A. noin 10 DnaA-molekyyliä sitoutuu 9 bp: n alueisiin, jotka kietoutuvat proteiinien ympärille aiheuttaen AT: n rikkaan alueen DNA: n purkautumisen. Oricissa on 8 DNAa-sidospaikkaa, joihin DnaA sitoutuu differentiaalisella affiniteetilla. Kun DNA: n replikaatio on alkamassa, DnaA vie kaikki korkean ja matalan affiniteetin sitoutumispaikat. Denaturoitu rikas alue mahdollistaa rekrytoinnin dnab (helicase), joka kompleksoituu DnaC (helicase loader). DnaC auttaa helikaasia sitoutumaan ja mukautumaan ssDNA: han 13 bp: n alueella; tämä tapahtuu ATP-hydrolyysillä, jonka jälkeen DnaC vapautuu. Yksijuosteiset sitovat proteiinit (SSBs) stabiloivat yksittäisiä DNA-juosteita replikaatiokuplan ylläpitämiseksi. DnaB on 5’→3 ’ helikaasi,joten se kulkee viiveellä. Se yhdistyy dnag: n (primaasin) kanssa muodostaen johtavan juosteen ainoan primerin ja lisää RNA-alukkeita viiveellä olevalle juosteelle. Dnag: n ja DnaB: n välinen vuorovaikutus on välttämätöntä Okazakin palasten pituusasteen hallitsemiseksi viiveellä. Tämän jälkeen DNA-polymeraasi III pystyy aloittamaan DNA: n replikaation.
DnaA koostuu neljästä verkkotunnuksesta: ensimmäinen on n-terminaalinen, joka liittyy säätelyproteiineihin, toinen on kierteinen linker-alue, kolmas domeeni on AAA+ – alue, joka sitoutuu ATP: hen, ja neljäs domeeni on C-terminaalinen DNA: han sitoutuva alue. DnaA sisältää kaksi säilynyttä aluetta: ensimmäinen sijaitsee proteiinin keskiosassa ja vastaa ATP: tä sitovaa domeenia, toinen sijaitsee C-terminaalisessa puoliskossa ja osallistuu DNA: n sitoutumiseen.