1. tammikuuta 1918 12 opiskelijaa neljästä osavaltiosta tapasi Nora Chambersin Church of God-kustantamon yläkerran huoneessa Clevelandissa, Tennesseessä. Tämä Church of God ’ s Bible Training Schoolin (BTS) ensimmäisen luokan kokous johti Leen yliopiston perustamiseen. Aluksi Chambers toimi ainoana tiedekunnan jäsenenä, ja kymmenkunta opiskelijaa muodostivat koko oppilaskunnan. Kaksi ensimmäistä ylioppilasta saivat diplominsa huhtikuussa 1919, ja syyskuussa 1919 aloitettiin kirjeenvaihto-ohjelma, joka kasvatti koulun kokonaisilmoittautumisen 788 oppilaaseen. Seuraavina vuosikymmeninä BTS laajensi tiedekuntaansa ja opetussuunnitelmaansa ja muutti vuonna 1938 Seviervillen kampukselle.
vuonna 1947 BTS muutti takaisin Clevelandiin, miehitti hiljattain ostetun suuremman kampuksen ja sai nimen Lee College kirkkokunnan varhaisen johtajan ja koulun toisen puheenjohtajan Flavius J. Leen kunniaksi. Korkeakoulu laajensi painotustaan niin raamatuntutkimuksiin kuin perinteisiin vapaamielisiin taiteisiin nelivuotisessa opetussuunnitelmassa. Vuonna 1959 Leen Raamattukoulun akkreditoi Akkreditointiliitto Raamattuoppilaitokset ja vuonna 1960 eteläinen korkeakoulujen ja koulujen yhdistys (SACS). Sisään 1969 SACS myönsi Lee täyden akkreditoinnin kuin neljän vuoden liberal arts college. 1970 – luvulta 1990-luvun alkuun, Lee kokenut valtavaa kasvua, lisäämällä ilmoittautuminen yli 2,600 opiskelijoille, joten se on yksi suurimmista ja nopeimmin kasvavista yksityisistä korkeakouluista Tennesseessä. Vuonna 1990 college lisäsi ensimmäisen jatko-ohjelma, Master of Church Music, sen kaksikymmentäkahdeksan perustutkintoa majors. Sisään 1996 opiskelijat neljäkymmentäkuusi valtioiden ja kaksikymmentäseitsemän ulkomaiden osallistui luokkiin kuusikymmentä acre kampuksella keskustassa Cleveland.
vuonna 1996 Lee Collegen johtokunta päätti muuttaa koulua dramaattisesti käynnistämällä laitoksen suunnitelman, joka vaati uudelleenorganisointia ja nimeämistä Leen yliopistoksi. Elokuuta 1, 1997, Lee University oli virallisesti paikallaan; se sisälsi neljä akateemista yksikköä: College of Liberal Arts and Sciences, School of Music, School of Ministry, ja College of Education. Johtokunta jätti vaikuttamatta laitoksen tehtävään, institutionaalisiin tavoitteisiin, toimintaperiaatteisiin ja toimintatapoihin. Näin, Lee yliopiston vahvat siteet sen emoyhtiö ja sen sitoutuminen tarjoamaan laadukasta, kohtuuhintaista koulutusta kristillisessä yhteydessä edelleen ohjata laitoksen prioriteetit. Leen yliopisto on pysynyt yhteiskoulu perustamisestaan lähtien ja helluntailaisen perintönsä mukaisesti ylläpitää Helluntailaista tutkimuskeskusta, joka ylpeilee laajimmilla helluntailaisuutta koskevilla kokoelmilla. Päättänyt säilyttää laajapohjainen Kristillinen identiteetti, Lee University identifioi itsensä ” kampus, jossa Kristus on kuningas.”