ympäristöhaasteet, riidat naapureiden kanssa ja resurssien niukkuus johtivat mayojen sotaan. Monien vuosien ajan arkeologit pitivät mayoja rauhallisena kansana, joka kykeni sotaan, mutta antautui siihen harvoin. Kuitenkin, kuten arkeologit tutkia enemmän mayojen kaupunkeja ja lisää todisteita paljastui, he tajusivat, että mayat usein taisteli sotia, varsinkin myöhään klassisen kauden 600-900 jKr. itse asiassa, tuona aikana sarja vastoinkäymisiä iski Mayat:
- maan kantokyvyn ylittävä väestö
- maaperän eroosioon johtava metsäkato
- maaperän hedelmällisyyden väheneminen
- jatkuva kuivuus
- aliravitsemus ja taudit
- luottamus Mayahallitsijoihin
- kasvava vihamielisyys kaupunkivaltioiden keskuudessa resurssien vähetessä
- endeeminen sodankäynti
aiemmat sodat käytiin vangeista ihmisuhrien vuoksi sekä maasta, luonnonvaroista ja kauppaverkostojen valvonnasta. Kaupunkivaltiot saattoivat jopa järjestää taisteluja vangeille kuten asteekit tekivät Kukkasodillaan.
kuitenkin myöhäisen klassisen kauden väestönkasvu ja ympäristötuho merkitsivät nälkäisille kaupungeille vähemmän ruokaa. Sodasta luonnonvaroista tuli endeemistä suurten kaupunkien keskustojen välillä käydyissä taisteluissa, jotka vetivät mukanaan monia pienempiä kaupunkeja. Sodankäynnin laajetessa ja jatkuessa mayojen yhteiskunnat alkoivat hajota. Lopulta eloonjääneet Mayat hylkäsivät alavat kaupunkinsa ja katosivat alueelta.
Mayat olivat raivokkaita sotureita, vaikka eivät olleet aivan mongolien tasolla, mutta silti tappava uhka naapureilleen.
Mayat sodassa: pitkän matkan aseet
Mayoilla oli sekä pitkän matkan aseet että lähitaisteluaseet. Pitkän matkan lajeina olivat Jousi ja nuoli, puhalluspistooli, silmukat ja heittokeihäät. Kun atlatl eli keihäänheittäjä tuotiin mayoille Teotihuacanista vuoden 400 paikkeilla, se omaksuttiin nopeasti ja siitä tuli mayojen hallitseva pitkän matkan ase. Atlatl lisäsi huomattavasti keihään tarkkuutta, voimaa ja kantamaa; kun keihäs heitettiin atlatlista, sen kerrottiin voivan lävistää espanjalaisten metallihaarniskan. Puhallusasetta käytettiin pääasiassa metsästykseen, mutta sillä oli jonkin verran myös sota-ajan käyttöä. Mayasoturit käyttivät jousta ja nuolia enemmän Jälkiklassisella kaudella.
Mayat sodassa: lähitaisteluaseet
kun armeijat ottivat yhteen taisteluissa, he käyttivät lähitaisteluaseita, kuten nuijia, kirveitä, puukotettavia keihäitä ja veitsiä. Mayojen sotakerho muistutti asteekkien Macuahuitlia siinä, että se oli reunustettu obsidiaaniterillä kolmelta sivulta. Nämä 42-pitkissä mailoissa voivat tainnuttaa, murtaa luita tai leikata. Niillä pystyttiin katkaisemaan hevosen pää. Mayat käyttivät myös kirveitä, joiden päät olivat kiveä, obsidiaania, piikiveä tai pronssia. Kirveen terävä reuna voi tappaa, mutta tylsä reuna voi tainnuttaa. Taistelun tarkoituksena oli usein vangita, ei tappaa, vihollissotureita, mikä teki kirveestä hyvän aseen. Lähitaistelussa Mayat käyttivät samoja 10 tuuman teräveitsiä, joita he käyttivät uhrauksissa.
Mayat sodassa: Puolustusaseet
Mayat rakensivat linnoituksia joidenkin kaupunkiensa ympärille. Esimerkkejä tästä ovat Seibal ja Tikal. Puolustusta varten soturit kantoivat kilpiä ja eliittejä ja veteraanit käyttivät vuorisuolalla hoidettuja paksuja puuvillapanssareita, jotka kestivät obsidiaania. Kypärät olivat tuntemattomia, ja soturit käyttivät niiden sijaan taidokkaita päähineitä. Soturit käyttivät statuksensa osoittamiseen myös vartalomaalia ja eläinten nahkoja.
Mayat sodassa: epätavalliset aseet
Popul Voh, kiche mayojen kirja, kertoo puolustusaseina käytetyistä Horneteista ja ampiaisista. Kun hyökkääjät tulivat, puolustavilla sotureilla oli herhiläisillä täytettyjä kurpitsoja, jotka he heittivät hyökkääjien keskelle. Hornetit purkautuivat kurpitsoista ja hyökkäsivät vihaisesti tappaen monia sotureita. Puolustajat voittivat taistelun.