Pohjatroolaus tuhoaa paljon enemmän meriympäristöä kuin mikään muu länsirannikon kalastustoiminta. Tässä kalastustavassa suuria painollisia verkkoja vedetään pitkin merenpohjaa ja niiden vanavedessä raivataan runsaasti elinympäristöjä. Joidenkin arpien paraneminen vie vuosisatoja, jos koskaan. Esimerkiksi koralli koralli Alaskassa on ajoitettu satoja tuhansia vuosia vanhaksi, ja radiohiiliajoitus vanhimpiin tunnettuihin syvänmeren koralleihin osoittaa niiden olevan 4 200 vuoden ikäisiä. Nämä ekosysteemin pilarit voidaan kuitenkin tuhota yhdellä pohjatroolin pyyhkäisyllä.
pohjatrooli koostuu suuresta kapenevasta verkosta, jolla on leveä suu ja pieni suljettu pää. Trooliverkon suulla on kaksi painotettua ovea, jotka eivät ainoastaan pidä verkkoa auki, vaan myös pitävät verkon merenpohjassa. Ovet voivat painaa useita tonneja. Painavien ovien lisäksi verkon pohjalla on paksu metallikaapeli (footroope), joka on nastoitettu raskailla teräskuulilla tai kumilangoilla, jotka murskaavat tehokkaasti kaiken tiellään olevan. Kun verkko laahaa merenpohjaa pitkin, sen reitillä oleva elinympäristö murskaantuu, repeytyy tai peittyy, kun merenpohjaa käännetään.
Kansallisen tiedeakatemian mukaan pohjatroolaus vähentää pohjaympäristöjen monimutkaisuutta, tuottavuutta ja biologista monimuotoisuutta.vahingot ovat vakavimpia koralli-ja sienieläinalueilla. Pohjatroolauksen häiritsemänä jopa 90 prosenttia koralli-yhdyskunnasta tuhoutuu ja jopa kaksi kolmasosaa sienieläimistä vaurioituu. Lisäksi tuoreissa coldwater coral-koralli-tutkimuksissa, joissa vaurioituneita alueita tarkasteltiin seitsemän vuotta myöhemmin, ei löytynyt uutta kasvustoa. Pohjatroolaus voi aiheuttaa peruuttamatonta vahinkoa myös pehmeissä sedimenteissä. Vuonna 2012 tehdyssä tutkimuksessa” syvänmeren pohjan Auraaminen ” todettiin, että pohjatroolaus muutti olennaisesti pehmeiden sedimenttien elinympäristöjen kemiaa ja geologiaa vaikuttaen pysyvästi näiden ekosysteemien biologiseen toimintaan ja koostumukseen.
pohjatroolauksesta aiheutuneet vahingot eivät rajoitu elinympäristöjen tuhoutumiseen. Kun verkko laahaa pitkin merenpohjaa, kaikki sen tiellä olevat eläimet—Kalat, Eläimet, merinisäkkäät, kasvit ja kilpikonnat—kauhotaan matkan varrelle. Kalastusalus säilyttää kohteena olevat kaupalliset lajit ja hävittää jäljelle jääneet, ei-toivotut kalat ja eläimet—lähes kaikki niistä kuolleina tai kuolevina.
kun koralli-ja sieniyhteisöt ovat tuhoutuneet, voivat myös kaupalliset kalat ja muut niistä kutu -, suoja -, taimitarha -, suojelu-ja ravintoarvoltaan riippuvaiset lajit kadota. Lisäksi liikakalastetut lajit, kuten kivikala ja rapu, saattavat tarvita koralli-ja muita merenpohjan rakenteita sopivien elinympäristöjen tarjoamiseksi elpymiselle.
suojelutoimenpiteiden jatkaminen on tarpeen ja mahdollista, jotta varmistetaan, ettei pohjatroolaus tuhoa koralli-ja sienieläimiä.