En 1969, Henry Brubaker arrive à la prison d’État de Wakefield en Arkansas déguisé en détenu. Il est immédiatement témoin d’abus et de corruption rampants, y compris d’agressions sexuelles ouvertes et endémiques, de torture, de nourriture malade, de fraude et de greffes rampantes. Au cours d’une confrontation dramatique impliquant Walter, un prisonnier dérangé qui était détenu à l’isolement, Brubaker se révèle être le nouveau directeur de la prison, à la stupéfaction des prisonniers et des fonctionnaires.
Brubaker tente de réformer la prison, en vue de la réhabilitation des prisonniers et des droits de l’homme, se heurtant fréquemment à des fonctionnaires corrompus du conseil des prisons d’État qui ont profité de la greffe pendant des décennies. Il recrute plusieurs prisonniers de longue date, dont les trustys Larry Lee Bullen, Richard « Dickie » Coombes et l’ancien commis du directeur Purcell (qui reste secrètement fidèle aux trustys sans scrupules) pour l’aider dans la réforme. Lillian Gray, spécialiste des relations publiques pour le bureau du gouverneur, tente également d’influencer Brubaker à réformer la prison de manière à jeter le gouverneur sous un jour positif.
Pour améliorer la prison, Brubaker licencie son comptable véreux, qui a constitué une réserve de nourriture illicite ostensiblement pour les détenus mais en réalité vendue pour générer des profits, jette l’ancien médecin de la prison hors de l’établissement lorsqu’il apprend que des détenus étaient accusés de recevoir des soins médicaux, et brûle une cabane de plaisance illicite sur le terrain de la prison où vivaient Huey Rauch, un fidèle influent et sa petite amie Carol. Après une chute de toit défectueuse dans la caserne de la prison, Brubaker rencontre C.P. Woodward, un vendeur de bois et participant de longue date au système de greffe de la prison. Accusant Woodward d’utiliser des prisonniers comme travail d’esclave et d’empocher délibérément de l’argent contractuel tout en construisant intentionnellement un toit de mauvaise qualité et non assuré, Brubaker résilie le contrat de Woodward. Il supervise également la formation d’un conseil des détenus, permettant aux détenus de se gouverner eux-mêmes. Lors de la première réunion du conseil des détenus, Abraham Cook, un détenu noir âgé toujours emprisonné trois ans après la fin de sa peine, écarte Brubaker et avoue qu’il a reçu l’ordre de construire des cercueils pour les prisonniers assassinés. Eddie Caldwell, un fiduciaire sadique, en prend acte, et lui, Purcell et Rauch attirent Abraham au service médical, où il est torturé avec un téléphone Tucker. Brubaker assiste à la réunion du conseil d’administration de la prison, où il découvre que de nombreux membres sont furieux de la perturbation de leurs projets de greffe via ses réformes et ne sont pas intéressés à investir de l’argent pour améliorer la prison. Brubaker accuse le chef du conseil de la prison, John Deach, d’avoir fraudé la prison grâce à des polices d’assurance sur du matériel agricole inexistant (tout en laissant les bâtiments de la prison non assurés) avant de sortir de la réunion.
Le lendemain de la réunion du conseil de la prison, Brubaker se réveille et découvre le corps d’Abraham suspendu au mât de la résidence du directeur. En fouillant la zone qu’Abraham lui a divulguée, Brubaker découvre plusieurs tombes non marquées qui contiennent des corps de prisonniers morts violemment. La nouvelle parvient au bureau du gouverneur, et Gray, aux côtés d’Edwards, un membre libéral du conseil de la prison, et du sénateur corrompu Hite, tentent de convaincre Brubaker d’arrêter de creuser des tombes avec la promesse de financer la prison, essayant de le convaincre qu’il a plutôt découvert un vieux cimetière de pauvres. Brubaker refuse et continue les fouilles. Rauch déplore grossièrement la confession d’Abraham, et Coombes, sachant l’implication de Rauch dans la mort d’Abraham, menace Rauch, qui s’échappe alors de la prison et se cache dans un restaurant local. Brubaker et plusieurs trustys le poursuivent, et dans la fusillade qui en résulte, Bullen et Rauch sont tués. En raison du débordement de violence à l’extérieur des murs de la prison, le conseil licencie Brubaker et tient une audience sur les corps exhumés où le conseil continue de mentir sur leur origine. Brubaker entre et fait un commentaire sur l’économie de l’argent des contribuables en tirant sur des prisonniers plutôt que de les envoyer à Wakefield, ce qui enrage Deach. Brubaker part et Gray le suit, l’implorant de faire des compromis, mais il refuse de faire des compromis sur le meurtre.
Brubaker sort de la prison alors que le nouveau directeur, le disciplinaire Rory Poke, s’adresse aux prisonniers. Coombes s’approche de Brubaker et lui dit simplement: « Tu avais raison. »Coombes commence à applaudir, et les condamnés ignorent Poke et s’approchent de la clôture, applaudissant un adieu à un Brubaker en larmes.
Une carte de titre pré-crédits se lit comme suit:
Deux ans après le licenciement d’Henry Brubaker, 24 détenus, dirigés par Richard » Dickie » Coombes, intentent une action contre la prison de Wakefield. La Cour a jugé que le traitement des prisonniers à Wakefield était inconstitutionnel et a ordonné la réforme ou la fermeture de la prison.Le gouverneur n’a pas été réélu.