1 Introduction
Bien que les membres du phylum Ascomycota, en particulier Sacchromyces cerevisiae, soient les champignons les plus étudiés, il existe 80 000 espèces connues du royaume des champignons. Il existe une grande diversité dans le royaume, allant de petites levures unicellulaires inoffensives telles que S. cerevisiae au grand pathogène végétal Armillaria ostoyae, l’un des plus grands organismes du monde. Cette dernière espèce fait partie du phylum des Basidiomycota, un phylum moins bien compris que celui des Ascomycota.
Bien qu’aucune espèce de basidiomycètes n’ait été étudiée avec autant de détails que S. cerevisiae, il s’agit d’un groupe d’organismes fascinant et diversifié. Les basidiomycètes produisent de nombreux métabolites secondaires intéressants utilisés en médecine, dans l’industrie et dans la recherche. Les membres du phylum représentent environ 10 % (40 espèces) des pathogènes fongiques humains connus (Morrow et Fraser, 2009). Avec le début de l’épidémie de sida, un basidiomycète en particulier, Cryptococcus neoformans, est passé d’un agent pathogène peu connu à l’un des principaux tueurs fongiques des patients immunodéprimés.
C. neoformans se trouve principalement sous forme de levure haploïde et est largement présent dans l’environnement mondial, y compris dans les excréments aviaires, le sol et l’écorce des arbres. Des études ont montré que les humains entrent fréquemment en contact avec C. neoformans: les individus sans antécédents de cryptococcose possèdent des anticorps contre la levure (Chen et al., 1999), et la plupart des enfants semblent avoir été exposés à l’âge de cinq ans (Goldman et al., 2001). Cela suggère que la majorité des individus rencontrent C. neoformans dans l’environnement, probablement par inhalation dans les poumons. Les personnes immunocompétentes sont généralement capables de contrôler et de contenir l’infection, ce qui conduit souvent à un état d’infection latent asymptomatique. Si le système immunitaire du patient est compromis à une date ultérieure, l’infection latente peut se réactiver. Dans le cas de l’individu immunodéprimé, une infection pulmonaire peut entraîner une pneumonie suivie d’une dissémination par la circulation sanguine vers d’autres organes. C. neoformans est l’une des rares espèces fongiques connues pour traverser la barrière hémato–encéphalique et infecter le cerveau (Kim, 2006), entraînant une méningite mortelle si elle n’est pas traitée. Lorsque l’épidémie de SIDA a commencé dans les années 1980, il y a eu une augmentation concomitante des cas de cryptococcose dans le monde entier. Ces dernières années, l’utilisation accrue des traitements antirétroviraux et des antifongiques a réduit l’incidence globale de la méningite cryptococcique mortelle. Pourtant, dans les zones où l’accès au traitement est limité, C. neoformans reste une préoccupation importante dans la prise en charge des immunodéprimés, y compris les patients atteints du sida, du cancer et de greffes d’organes. De plus, des éclosions récentes de cryptococcose chez des individus immunocompétents dans le Nord-Ouest du Pacifique soulèvent des inquiétudes quant au risque d’infection cryptococcique, même chez des individus par ailleurs en bonne santé (Bartlett et al., 2008; Hoang et coll., 2004).
En tant que cellule de levure haploïde, C. neoformans se prête à de nombreux protocoles étendus qui ont été développés pour S. cerevisiae, ne nécessitant dans la plupart des cas que quelques ajustements. Cependant, ayant divergé de la lignée des ascomycètes il y a environ 400 millions d’années (mya) (Taylor et Berbee, 2006), il existe des différences significatives dans sa machinerie cellulaire et son cycle de vie (voir ci-dessous). La génomique comparative promet de fournir de riches informations sur l’évolution de gènes, de protéines et de voies partagés et divergents, tout en offrant un aperçu des différences entre les espèces qui permettent à une levure d’exister en tant que saprophyte bénin et à une autre de provoquer une infection mortelle chez un hôte mammifère.