La forme active DnaA est liée à l’ATP. Immédiatement après la division d’une cellule, le niveau de DnaA actif dans la cellule est faible. Bien que la forme active du DnaA nécessite de l’ATP, la formation du complexe oriC / DnaA et le déroulement ultérieur de l’ADN ne nécessitent pas d’hydrolyse de l’ATP.
Le site orique chez E. coli comporte trois régions à paires de bases riches en 13 (DUEs) suivies de quatre régions à 9 pb avec la séquence TTAT (C ou A) CA (C ou A) A. Environ 10 molécules de DnaA se lient aux régions à 9 pb, qui s’enroulent autour des protéines, provoquant le déroulement de l’ADN au niveau de la région riche en AT. Il existe 8 sites de liaison au DnaA au sein de l’oriC, auxquels le DnaA se lie avec une affinité différentielle. Lorsque la réplication de l’ADN est sur le point de commencer, le DnaA occupe tous les sites de liaison à haute et basse affinité. La région riche en AT dénaturée permet le recrutement de DnaB (hélicase), qui se complexe avec DnaC (chargeur hélicase). Le DnaC aide l’hélicase à se lier et à s’adapter correctement à l’adNSS dans la région de 13 pb; ceci est accompli par hydrolyse de l’ATP, après quoi le DnaC est libéré. Les protéines de liaison à un seul brin (SSB) stabilisent les brins d’ADN simples afin de maintenir la bulle de réplication. Le DnaB est une hélicase 5 ‘→3’, il se déplace donc sur le brin en retard. Il s’associe à la DnaG (une primase) pour former la seule amorce pour le brin principal et pour ajouter des amorces d’ARN sur le brin en retard. L’interaction entre DnaG et DnaB est nécessaire pour contrôler la longitude des fragments d’Okazaki sur le brin en retard. L’ADN polymérase III est alors capable de démarrer la réplication de l’ADN.
DnaA est composé de quatre domaines: le premier est le N-terminal qui s’associe aux protéines régulatrices, le second est une région de liaison hélicoïdale, le troisième domaine est une région AAA + qui se lie à l’ATP et le quatrième domaine est la région de liaison à l’ADN C-terminal. Le DnaA contient deux régions conservées: la première est située dans la partie centrale de la protéine et correspond au domaine de liaison à l’ATP, la seconde est située dans la moitié C-terminale et est impliquée dans la liaison à l’ADN.