Après qu’Allen ait eu un fils à l’âge de 18 ans, les jumeaux ont abandonné l’école secondaire et ont rapidement commencé à travailler sur des vidéos musicales à l’adolescence, réalisant pour des artistes comme Tone Loc et Tupac Shakur. Leur premier long métrage, Menace II Society de 1993, a été présenté au Festival de Cannes. Centré sur les jeunes noirs privés de leurs droits, il a été réalisé avec un budget de 3,5 millions de dollars à l’âge de 20 ans. Tyger Williams a écrit le scénario et a partagé le crédit de l’histoire avec les frères. Il est devenu un succès critique et un succès au box-office et a été nominé pour un Independent Spirit Award du Meilleur Premier long métrage. En raison de leur expérience antérieure dans la réalisation de vidéoclips, ils sont devenus le premier duo frère depuis que Jerry et David Zucker ont autorisé une dérogation de la Directors Guild of America pour prendre le co-crédit en tant que réalisateurs.
Leur deuxième film était Dead Presidents en 1995. Traitant de la société noire de la sous-classe comme leur premier long métrage, et mettant également en vedette Larenz Tate, le film est centré sur les anciens combattants de la guerre à l’époque de la guerre du Vietnam. Le film, qui est sorti au Festival du film de la critique de New York, n’a pas réussi à faire autant de bénéfices que leur premier film. Ils ont suivi Dead Presidents avec American Pimp, un long métrage documentaire sur la culture clandestine des proxénètes et l’exploitation des femmes. Il a été présenté en première au Festival du film de Sundance en 1999. Ils avaient initialement prévu de faire une adaptation du roman Pimp d’Iceberg Slim, mais quelqu’un d’autre en a acquis les droits. Les frères ont déclaré que la perspective du film a été partiellement façonnée par le fait d’avoir été élevée par leur mère, qui est féministe. Entre deux projets, ils ont filmé plusieurs messages d’intérêt public anti-armes de poing.
En rupture avec leur matériel précédent, les frères Hughes ont coréalisé From Hell, l’adaptation cinématographique en 2001 du roman graphique du même nom d’Alan Moore sur les meurtres de Jack l’Éventreur dans l’Angleterre victorienne, avec Johnny Depp et Heather Graham. Jugé trop violent et sanglant par certains critiques, le film a dû être monté afin d’éviter une note NC-17 par la MPAA. Comme l’a décrit la star du film, il y avait parfois des désaccords entre les jumeaux concernant la direction du film. Par exemple, la quantité de violence montrée était un point de discorde entre les deux; un frère pensait que la brutalité devait être démontrée, tandis que l’autre pensait que la violence implicite suffirait.
Leur seul film ensemble depuis From Hell en 2001 était le drame post-apocalyptique Book of Eli pour Warner Bros., sorti en janvier 2010.
En 2006, les frères ont été annoncés pour diriger The Iceman, un film sur le tueur en série Richard Kuklinski, mais il a finalement été réalisé par Ariel Vromen et sorti en 2012. Ils devaient également réaliser une version cinématographique de la série télévisée classique Kung Fu. Il a été annoncé en 2010 que les frères ont été sollicités pour réaliser une adaptation en prise de vue réelle du manga Akira de 1988, mais ils ont quitté le projet en 2011.
En équipe, Allen travaille généralement avec les acteurs tandis qu’Albert s’occupe des aspects techniques de leurs films, issus de l’expérience d’Albert de suivre des cours à l’école de cinéma du Los Angeles City College.