Chef du mouvement indépendantiste, il est né à Valladolid, Michoacán. De 1779 à 1790, il travaille à la ferme de canne à sucre de Tahuejo à Apatzingán, peut-être comme commis ou comptable. En 1790, il entre au Collège San Nicolás Obispo de Valladolid, où il étudie la grammaire latine, la rhétorique, la philosophie et l’éthique. En 1795, au Séminaire Tridentino de la même ville, il étudie la théologie morale et la philosophie. Le 28 avril, Morelos s’est rendu à Mexico pour passer ses examens pour un baccalauréat arts arts à l’Université Real et Pontificia. Le 13 décembre, il reçoit la première tonte et les quatre ordres mineurs de Valladolid et six jours plus tard, il devient sous-diacre. Au début de 1796, il s’installe à Uruapan comme prêtre auxiliaire et dirige l’enseignement de la grammaire et de la rhétorique. En septembre de la même année, il est ordonné diacre à Valladolid et, le 21 décembre 1779, il est ordonné prêtre dans la même ville.
Au début d’octobre 1810, Morelos apprit la nouvelle du soulèvement d’Hidalgo et, le dix-neuvième de ce mois, partit à sa recherche. Il a rattrapé Hidalgo le lendemain et lui a parlé à Charo e Indaparapeo. Morelos fut chargé de lever les armes sur la côte sud. Le 13 novembre, Morelos et ses troupes engagent l’ennemi pour la première fois, face aux forces royalistes de Luis Calatayud à El Veladero. Le 17 novembre, Morelos a publié un édit supprimant l’esclavage, les castes et les fonds communautaires. Ses activités inquiétèrent le vice-roi, qui envoya Francisco París le combattre. París l’engagea le 8 décembre à El Veladero mais fut repoussé.
Le 3 mai 1811, Morelos nomme Hermenegildo Galeana comme lieutenant. Le 26 mai, Morelos conquiert Tixtla, où Vicente Guerrero le rejoint. C’est là qu’il publia un édit sur l’émission d’une monnaie de cuivre nationale et écrivit à Ignacio López Rayón sur la formation d’un conseil pour l’insurrection. Le 18 décembre, Mariano Matamoros le rejoignit et le 18 février 1812, Morelos faillit tomber aux mains de Calleja à Cuautla. Le 10 août, Morelos arriva à Tehuacán, où il réorganisa et entraîna ses troupes et prit le contrôle du mouvement rebelle. En septembre de la même année, il nomme Matamoros commandant en second et Galeana maréchal.
Le 18 octobre, Porlier et Luis del Águila battent Morelos à Ojo de Agua. Il conquit Orizaba le vingt-neuvième, mais à son retour à Tehuacán, Luis del Águila le vainquit à nouveau à Puente Colorado sur les crêtes d’Acutzingo. Morelos a pris Oaxaca le 25 novembre et là a commencé la publication du journal Sud. Le 12 avril 1813, il s’empara d’Acapulco et, le 31 août, se dirigea vers Chilpancingo, où le 14 septembre, il ouvrit le Congrès avec l’élection des députés et la lecture de ses Sentimientos de la Nación (Sentiments de la Nation). Le lendemain, le Congrès l’a élu Commandant suprême en charge du pouvoir exécutif et, le 6 novembre, a publié son Acte d’indépendance.
Le 23 décembre, Ciriaco de Llano et Agustín de Iturbide chassèrent Morelos des collines de Santa María. Il se retire à Chupío et à Puruarán, où il subit une nouvelle défaite. À Tlacotepec, le Congrès le démit de ses fonctions de Commandant suprême. Il subit une nouvelle défaite à Las ÁnImas. Il marcha plus tard sur Tecpan et Acapulco, et le Congrès le destitua du pouvoir exécutif le 14 mars 1814. Le 11 octobre, Morelos a rencontré José María Cos à Santa Clara del Cobre. Il continua à Ario, poursuivi par les royalistes, et arriva à Apatzingán, où le Congrès publia son Décret constitutionnel pour la Liberté de l’Amérique mexicaine.
Le Congrès décida de se déplacer à Tehuacán en raison de la poursuite royaliste, et Morelos se chargea de le tenir. Le 28 septembre 1815, il part pour Huetamo, Cutzamala et Tlachapa, et le 2 novembre arrive à Atenango del Río. Le lendemain, il est arrivé à Temalaca et le cinquième, alors qu’il se dirigeait vers Pilcaya, il a été attaqué par Concha et fait prisonnier par Matías Carrasco, un ancien insurgé. Il est arrivé à Mexico le vingt-deuxième et le vingt-septième, il a été déclaré hérétique et rétrogradé en grade. Le 20 décembre, Calleja l’a condamné à mort. Morelos a été abattu à San Cristóbal Ecatepec.
En 1828, la ville où Morelos est née a reçu le nom de Morelia. En 1869, Benito Juárez décrète la fondation de l’État qui porte son nom. Le 16 septembre 1925, ses restes sont emmenés à la Colonne de l’Indépendance.