» A Milhouse Divided » est le seul épisode pour lequel Steve Tompkins a le seul crédit d’écriture, bien qu’il fasse partie du personnel d’écriture depuis plusieurs années. Les scénaristes voulaient faire un épisode impliquant un couple en train de divorcer. Les Van Houtens ont été choisis parce que les écrivains estimaient qu’ils étaient le couple le plus développé à côté de Marge et Homer et les Lovejoys. La scène de l’épisode « Sideshow Bob’s Last Gleaming » où Milhouse est dans un jet faisant semblant de tirer des missiles sur ses parents est l’endroit où ils ont eu l’idée d’avoir le mariage de ses parents en difficulté.
À l’origine, l’épisode se concentrait également sur les effets du divorce sur Milhouse et il y avait une intrigue secondaire qui impliquait que Bart était jaloux de Milhouse et souhaitait que Marge et Homer se séparent également. Plusieurs scènes ont été écrites et animées pour l’épisode, mais finalement elles ont été coupées car le script était très long. Une idée similaire serait utilisée comme point d’intrigue dans l’épisode de la saison 17 « Milhouse of Sand and Fog ». Le troisième acte de l’épisode déplace l’attention des Van Houtens vers Homer et Marge parce que les scénaristes ont estimé que les personnages tertiaires ne pouvaient pas susciter l’intérêt du public pour un épisode entier. Bill Oakley a dit qu’il pensait que l’épisode aurait échoué s’ils étaient restés avec les Van Houtens pour le troisième acte et la plupart des autres écrivains ont également estimé que c’était la bonne décision.
L’idée du dîner est venue d’Oakley, qui avait voulu organiser une fête similaire à celle de « La guerre des Simpson ». Pour la seconde moitié de l’épisode, Luann a été repensé pour paraître plus jeune et a reçu une nouvelle tenue. Un chanteur de grand nom a été à l’origine cherché à chanter « Puis-je emprunter un sentiment? » au générique de fin. Les scénaristes voulaient Sheryl Crow, mais elle a refusé et le concept a ensuite été abandonné.