Le 1er janvier 1918, 12 étudiants de quatre États ont rencontré Nora Chambers dans une salle à l’étage de la maison d’édition Church of God à Cleveland, Tennessee. Cette première réunion de classe de l’École de formation biblique de l’Église de Dieu (BTS) a conduit à la fondation de l’Université Lee. Initialement, Chambers était le seul membre du corps professoral, et la douzaine d’étudiants composait l’ensemble du corps étudiant. Les deux premiers diplômés ont obtenu leur diplôme en avril 1919, et un programme par correspondance a été lancé en septembre 1919, ce qui a porté le nombre total d’inscriptions de l’école à 788 étudiants. Au cours des décennies suivantes, le BTS agrandit sa faculté et son programme d’études et déménage sur un campus à Sevierville en 1938.
En 1947, BTS est retourné à Cleveland, a occupé un campus plus grand récemment acheté et a été nommé Lee College en l’honneur de Flavius J. Lee, un des premiers dirigeants de la dénomination et deuxième président de l’école. Le collège a élargi son accent pour inclure à la fois les études bibliques et les arts libéraux traditionnels dans un programme de quatre ans. En 1959, le Lee’s Bible College a été accrédité par l’Accreditation Association of Bible Colleges, et en 1960, un collège junior a été accrédité par la Southern Association of Colleges and Schools (SACS). En 1969, SACS a accordé à Lee une accréditation complète en tant que collège d’arts libéraux de quatre ans. Des années 1970 au début des années 1990, Lee a connu une croissance énorme, augmentant ses inscriptions à plus de 2 600 étudiants, ce qui en fait l’un des collèges privés les plus importants et les plus dynamiques du Tennessee. Dans les années 1990, le collège a ajouté son premier programme d’études supérieures, une Maîtrise en musique d’église, à ses vingt-huit majors de premier cycle. En 1996, des étudiants de quarante-six États et de vingt-sept pays étrangers ont suivi des cours sur le campus de soixante acres au centre-ville de Cleveland.
En 1996, le conseil d’administration du Lee College a décidé de changer radicalement l’école en lançant un plan pour l’établissement qui prévoyait une réorganisation et une désignation comme Université Lee. Le 1er août 1997, l’Université Lee était officiellement en place; elle comprenait quatre unités académiques: un Collège d’Arts et de sciences libéraux, une École de musique, une École de Ministère et un Collège d’Éducation. Le conseil d’administration n’a pas affecté la mission, les objectifs institutionnels, les politiques et les procédures opérationnelles de l’institution. Ainsi, les liens étroits de l’Université Lee avec sa dénomination mère et son engagement à fournir une éducation de haute qualité et abordable dans un contexte chrétien continuent de guider les priorités de l’institution. L’Université Lee est restée mixte depuis sa fondation et, conformément à son héritage pentecôtiste, exploite le Centre de recherche pentecôtiste, qui possède les collections les plus étendues disponibles sur le pentecôtisme. Déterminée à maintenir son identité chrétienne plus large, l’Université Lee s’identifie comme « Un Campus Où le Christ Est Roi. »