Nel 1969, Henry Brubaker arriva alla prigione di Stato di Wakefield in Arkansas travestito da detenuto. Assiste immediatamente ad abusi e corruzione dilaganti, tra cui violenza sessuale aperta ed endemica, tortura, cibo malato cavalcato da vermi, frode e innesto dilagante. Durante una drammatica situazione di stallo che coinvolge Walter, un prigioniero squilibrato che veniva tenuto in isolamento, Brubaker si rivela essere il nuovo direttore della prigione, con lo stupore sia dei prigionieri che dei funzionari.
Brubaker tenta di riformare la prigione, con un occhio verso la riabilitazione dei prigionieri e i diritti umani, scontrandosi spesso con funzionari corrotti nel consiglio della prigione di stato che hanno tratto profitto dall’innesto per decenni. Egli recluta diversi prigionieri di lunga data, tra cui il trustys Larry Lee Bullen, Richard “Dickie” Coombes e l’ex impiegato del direttore Purcell (che rimane segretamente fedele ai trustys senza scrupoli) per aiutarlo con la riforma. Lillian Gray, specialista di pubbliche relazioni per l’ufficio del governatore, tenta anche di influenzare Brubaker per riformare la prigione in un modo che getterà il governatore in una luce positiva.
Per migliorare la prigione, Brubaker licenzia il suo contabile corrotto, che ha costruito una scorta di cibo illecito apparentemente per i detenuti ma in realtà venduto per generare profitto, getta l’ex medico della prigione fuori dalla struttura quando apprende che i detenuti venivano accusati di cure mediche, e brucia una baracca di piacere illecita su terreni di prigione in cui Dopo un cedimento del tetto difettoso nella caserma della prigione, Brubaker incontra C.P. Woodward, un venditore di legname e partecipante di lunga data allo schema di innesto della prigione. Accusando Woodward di usare i prigionieri come lavoro schiavo e intascando intenzionalmente i soldi del contratto mentre costruiva intenzionalmente un tetto scadente e non assicurato, Brubaker rescinde il contratto di Woodward. Supervisiona anche la formazione di un consiglio di detenuti, permettendo ai detenuti di governare se stessi. Durante la prima riunione del consiglio dei detenuti, Abraham Cook, un anziano detenuto nero ancora imprigionato tre anni dopo la fine della sua pena, tira Brubaker da parte e confessa che è stato incaricato di costruire bare per i prigionieri uccisi. Eddie Caldwell, un fiduciario sadico, prende nota, e lui, Purcell, e Rauch attirare Abraham al reparto medico, dove viene torturato con un telefono Tucker. Brubaker partecipa alla riunione del consiglio della prigione, dove scopre che molti dei membri sono infuriati per l’interruzione dei loro schemi di innesto attraverso le sue riforme e non sono interessati a investire denaro per migliorare la prigione. Brubaker accusa il capo del prison board John Deach di aver frodato la prigione attraverso polizze assicurative su attrezzature agricole inesistenti (lasciando gli edifici della prigione senza assicurazione) prima di uscire dalla riunione.
La mattina dopo la riunione del consiglio della prigione, Brubaker si sveglia e scopre il corpo di Abraham sospeso dal pennone della residenza del direttore. Mentre scavando l’area che Abraham gli ha rivelato, Brubaker scopre più tombe non marcate che contengono corpi di prigionieri che sono morti violentemente. La notizia raggiunge l’ufficio del governatore, e Gray, insieme a Edwards, un membro liberale del consiglio della prigione, e al senatore corrotto Hite, tenta di convincere Brubaker a smettere di scavare tombe con la promessa di finanziare la prigione, cercando di convincerlo che ha invece scoperto un vecchio cimitero di poveri. Brubaker rifiuta, e continua gli scavi. Rauch si lamenta bruscamente della confessione di Abraham, e Coombes, conoscendo il coinvolgimento di Rauch nella morte di Abraham, minaccia Rauch, che poi fugge dalla prigione e si nasconde in un ristorante locale. Brubaker e diversi trustys lo inseguono, e nella sparatoria risultante, Bullen e Rauch vengono uccisi. A causa della fuoriuscita di violenza al di fuori delle mura della prigione, il consiglio licenzia Brubaker e tiene un’udienza sui corpi riesumati in cui il consiglio continua a mentire sulla loro origine. Brubaker entra e fa un commento sul risparmio di denaro dei contribuenti sparando ai prigionieri piuttosto che inviarli a Wakefield, il che fa infuriare Deach. Brubaker se ne va e Gray lo segue, implorandolo di scendere a compromessi, ma si rifiuta di scendere a compromessi per l’omicidio.
Brubaker esce dalla prigione mentre il nuovo direttore, Rory Poke, si rivolge ai prigionieri. Coombes si avvicina a Brubaker e gli dice semplicemente: “Avevi ragione.”Coombes inizia a battere le mani, ei detenuti ignorano Poke e si avvicinano alla recinzione, applaudendo un addio a un Brubaker in lacrime.
Una carta del titolo pre-crediti legge:
Due anni dopo il licenziamento di Henry Brubaker 2 24 detenuti, guidati da Richard “Dickie” Coombes, hanno intentato causa contro la prigione di Wakefield. La Corte ha stabilito che il trattamento dei prigionieri a Wakefield era incostituzionale e ha ordinato la prigione essere riformato o chiuso.Il governatore non è stato rieletto.