La forma attiva DnaA è legata all’ATP. Immediatamente dopo che una cellula si è divisa, il livello di DnaA attivo all’interno della cellula è basso. Sebbene la forma attiva di DnaA richieda ATP, la formazione del complesso OriC/DnaA e il successivo svolgimento del DNA non richiedono l’idrolisi dell’ATP.
Il sito orico in E. coli ha tre regioni A 13 coppie di basi (quote) seguite da quattro regioni a 9 bp con la sequenza TTAT(C o A)CA(C o A)A. Circa 10 molecole DnaA si legano alle regioni a 9 bp, che avvolgono le proteine causando lo svolgimento del DNA nella regione ricca. Ci sono 8 siti di legame DnaA all’interno di oriC, a cui DnaA si lega con affinità differenziale. Quando la replicazione del DNA sta per iniziare, DnaA occupa tutti i siti di legame ad alta e bassa affinità. La regione denaturata di AT-rich tiene conto il reclutamento di DnaB (helicase), che i complessi con DnaC (caricatore di helicase). DnaC aiuta l’elicasi a legarsi e ad accogliere correttamente l’ssDNA nella regione di 13 bp; ciò si ottiene mediante idrolisi di ATP, dopo di che DnaC viene rilasciato. Le proteine leganti a singolo filamento (SSB) stabilizzano i singoli filamenti di DNA per mantenere la bolla di replicazione. DnaB è un 5 ‘→3 ‘ elicasi, quindi viaggia sul filo in ritardo. Si associa con DnaG (una primasi) per formare l’unico primer per il filo principale e per aggiungere primer RNA sul filo in ritardo. L’interazione tra DnaG e DnaB è necessaria per controllare la longitudine dei frammenti di Okazaki sul filo in ritardo. La DNA polimerasi III è quindi in grado di avviare la replicazione del DNA.
DnaA è costituito da quattro domini: il primo è l’N-terminale che si associa alle proteine regolatrici, il secondo è una regione di linker elicoidale, il terzo dominio è una regione AAA+ che si lega all’ATP e il quarto dominio è la regione di legame del DNA C-terminale. DnaA contiene due regioni conservate: la prima si trova nella parte centrale della proteina e corrisponde al dominio di legame ATP, la seconda si trova nella metà C-terminale ed è coinvolta nel legame del DNA.