Quando il Mediterraneo era un caldo secco cava nei pressi fine del Messiniano la Crisi di Salinità nel tardo Miocene, Faiyum è un secco hollow, e il Nilo scorreva in fondo a un canyon (che era di 8.000 piedi (2.400 m) profondi più di Cairo dove è oggi). Dopo che il Mediterraneo si rifondò alla fine del Miocene, il canyon del Nilo divenne un braccio di mare che si estendeva nell’entroterra oltre Assuan. Nel corso del tempo geologico quel braccio di mare gradualmente riempito di limo e divenne la valle del Nilo.
Alla fine il letto della valle del Nilo si interrò abbastanza in alto da far traboccare periodicamente il Nilo nella cavità del Faiyum e crearvi un lago. Il lago è registrato per la prima volta da circa 3000 AC, intorno al tempo di Menes (Narmer). Tuttavia, per la maggior parte sarebbe stato riempito solo con alte acque di piena. Il lago era delimitato da insediamenti neolitici e la città di Crocodilopolis crebbe a sud dove il terreno più alto creò una cresta.
Nel 2300 AC, il corso d’acqua dal Nilo al lago naturale fu ampliato e approfondito per creare un canale che ora è noto come Bahr Yussef. Questo canale alimentava il lago. Questo doveva servire a tre scopi: controllare le inondazioni del Nilo, regolare il livello dell’acqua del Nilo durante le stagioni secche e servire l’area circostante con l’irrigazione. Ci sono prove di antichi faraoni egiziani della dodicesima dinastia che utilizzano il lago naturale di Faiyum come serbatoio per immagazzinare eccedenze di acqua da utilizzare durante i periodi di siccità. Gli immensi acquedotti intrapresi dagli antichi faraoni egizi della XII dinastia per trasformare il lago in un enorme serbatoio d’acqua davano l’impressione che il lago stesso fosse uno scavo artificiale, come riportato da geografi e viaggiatori classici. Il lago fu infine abbandonato a causa del ramo più vicino del Nilo diminuendo di dimensioni dal 230 AC.
Faiyum era noto agli antichi egizi come il ventunesimo nome dell’Alto Egitto, Atef-Pehu (“Sicomoro settentrionale”). Nell’antico Egitto, la sua capitale era Sh-d-y-t (di solito scritto “Shedyt”), chiamato dai greci Crocodilopolis, e rifondato da Tolomeo II come Arsinoe.
Questa regione ha le prime prove per l’agricoltura in Egitto, ed era un centro di piramide reale e tomba-costruzione nella dodicesima dinastia del Medio Regno, e di nuovo durante il dominio della dinastia tolemaica. Faiyum divenne uno dei granai del mondo romano.
Per i primi tre secoli DC, il popolo di Faiyum e altrove in Egitto romano non solo imbalsamato i loro morti, ma anche posto un ritratto del defunto sul volto della mummia involucri, sudario o caso. Gli egiziani continuarono la loro pratica di seppellire i loro morti, nonostante la preferenza romana per la cremazione. Preservati dall’ambiente arido del deserto, questi ritratti Faiyum costituiscono il corpo più ricco di ritrattistica sopravvissuto dall’antichità. Ci offrono una finestra su una notevole società di popoli di origini miste-egiziani, greci, romani, siriani, libici e altri—che fiorì 2.000 anni fa a Faiyum. I ritratti di Faiyum sono stati dipinti su legno con una tecnica di cera pigmentata chiamata encausto.
Alla fine del I millennio DC, l’area arabile si ridusse e gli insediamenti attorno al bordo del bacino furono abbandonati. Questi siti includono alcuni dei meglio conservati dal tardo Impero romano, in particolare Karanis, e dal bizantino e primi periodi arabi, anche se recente riqualificazione ha notevolmente ridotto le caratteristiche archeologiche.
“I nomi dei villaggi di tipo coloniale (villaggi che prendono il nome da città altrove in Egitto e luoghi al di fuori dell’Egitto) mostrano che molta terra è stata portata in coltivazione nel Faiyum nei periodi greco e romano.
Secondo l’Encyclopædia Britannica Undicesima edizione, nel 1910 si coltivavano oltre 1.000 km2 (400 mile2) dell’Oasi di Faiyum, le principali colture erano cereali e cotone. Il completamento della diga bassa di Assuan ha assicurato una fornitura più completa di acqua, che ha permesso a 20.000 acri (80 km2) di terra, precedentemente non irrigata e non tassata, di essere portata sotto la coltivazione nei tre anni 1903-1905. Tre colture sono state ottenute in venti mesi. La provincia era nota per i suoi fichi e le sue uve di eccezionale qualità. Venivano coltivate anche olive. Gli alberi di rose erano molto numerosi e la maggior parte dell’attar di rose d’Egitto era prodotta nella provincia. Faiyum possedeva anche un’eccellente razza di pecore.