Il 1 ° gennaio 1918, 12 studenti provenienti da quattro stati si incontrarono con Nora Chambers in una stanza al piano superiore della Casa editrice Church of God a Cleveland, Tennessee. Questo incontro di prima classe della Scuola di formazione biblica della Chiesa di Dio (BTS) ha portato alla fondazione della Lee University. Inizialmente Chambers serviva come unico membro della facoltà, e la dozzina di studenti costituiva l’intero corpo studentesco. I primi due diplomati conseguirono i loro diplomi nell’aprile 1919, e un programma di corrispondenza fu avviato nel settembre 1919, che aumentò l’iscrizione complessiva della scuola a 788 studenti. Durante i decenni successivi, BTS ampliato la sua facoltà e curriculum e si trasferì in un campus a Sevierville nel 1938.
Nel 1947 il BTS tornò a Cleveland, occupò un campus più grande acquistato di recente e fu nominato Lee College in onore di Flavius J. Lee, uno dei primi leader nella denominazione e secondo presidente della scuola. Il collegio ampliato la sua enfasi per includere sia gli studi biblici e le arti liberali tradizionali in un curriculum di quattro anni. Nel 1959 Lee Bible College è stato accreditato dalla Accrediting Association of Bible Colleges, e nel 1960, un junior college è stato accreditato dalla Southern Association of Colleges and Schools (SACS). Nel 1969 SACS concesse a Lee l’accreditamento completo come college di arti liberali di quattro anni. Dal 1970 fino ai primi anni 1990, Lee ha sperimentato una crescita enorme, aumentando la sua iscrizione a più di 2.600 studenti, che lo rende uno dei più grandi e più rapida crescita college privati in Tennessee. Nel 1990 il collegio ha aggiunto il suo primo programma di laurea, un maestro di musica da chiesa, ai suoi ventotto major universitari. Nel 1996 studenti provenienti da quarantasei stati e ventisette paesi stranieri hanno frequentato le lezioni nel campus di sessanta acri nel centro di Cleveland.
Nel 1996 il Consiglio di amministrazione del Lee College decise di cambiare radicalmente la scuola lanciando un piano per l’istituzione che richiedeva la riorganizzazione e la designazione come Lee University. Il 1º agosto 1997, la Lee University era formalmente in vigore; comprendeva quattro unità accademiche: un College of Liberal Arts and Sciences, una School of Music, una School of Ministry e un College of Education. Il consiglio ha lasciato inalterati la missione, gli obiettivi istituzionali, le politiche e le procedure operative dell’istituzione. Pertanto, i forti legami della Lee University con la sua denominazione madre e il suo impegno a fornire un’istruzione di alta qualità e accessibile in un contesto cristiano continuano a guidare le priorità dell’istituzione. Lee University è rimasta coeducational dalla sua fondazione e, in linea con il suo patrimonio pentecostale, gestisce il Centro di ricerca pentecostale, che vanta le più ampie collezioni disponibili sul pentecostalismo. Determinato a mantenere la sua identità cristiana più ampia base, Lee University si identifica come ” Un campus dove Cristo è il re.”