La prima categoria di costituenti alimentari sono metaboliti intermedi formati dalla digestione di lipidi, polisaccaridi e proteine. La maggior parte di questi composti sono comuni a tutti gli organismi viventi e identici ai metaboliti endogeni umani, quindi non possono generalmente essere utilizzati come biomarcatori alimentari a causa della loro identità comune e dell’impossibilità di rintracciare la loro origine alimentare. Le possibili eccezioni sono gli aminoacidi essenziali, gli acidi grassi essenziali, insieme alla maggior parte delle vitamine e i minerali5 che non possono essere prodotti dall’uomo e devono provenire da fonti alimentari esterne.
La seconda categoria di costituenti alimentari sono quelli metabolizzati attraverso la trasformazione da parte dei tessuti ospiti. I composti alimentari che non sono utili per il metabolismo di base o che non corrispondono a metaboliti endogeni familiari sono trattati come xenobiotici. Esempi di costituenti alimentari esogeni includono polifenoli, alcaloidi, carotenoidi, clorofille, colori artificiali, aromi artificiali, volatili naturali per aromi/aromi e prodotti di reazione di Maillard formati durante la cottura. Il corpo umano mantiene un complesso sistema di difesa costituito da decine di enzimi e trasportatori di membrana per riconoscere queste sostanze chimiche estranee e potenzialmente tossiche e neutralizzarle mediante una rapida biotrasformazione e/o eliminazione. Sebbene non molti siano stati ben caratterizzati, i metaboliti trasformati dall’ospite conservano molte delle caratteristiche dei loro composti progenitori e di conseguenza questi metaboliti derivati esogeni possono essere molto utili come biomarcatori alimentari specifici.
La terza categoria di metaboliti alimentari sono quelli trasformati attraverso il metabolismo microbico. I microbi hanno un insieme molto diverso di enzimi rispetto ai mammiferi e dato che ci sono più di 1000 diverse specie di microbi nell’intestino umano () c’è un’enorme diversità di processi enzimatici che agiscono sui composti derivati dal cibo. Alcuni metaboliti microbici possono essere utili come biomarcatori alimentari, sebbene a causa della complessa relazione tra fonte alimentare, specie microbiche intestinali predominanti e metaboliti alimentari risultanti (), i metaboliti microbici dovrebbero essere trattati con una certa cautela quando usati come biomarcatori alimentari.
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