Klinische procedures
Zowel de VHX en BPD proeven werden uitgevoerd door de Shoklo Malaria Research Unit in klinieken langs de Thailand–Myanmar grens in het noordwesten van Thailand, een gebied met lage seizoensgebonden malaria transmission18,19. Tot de patiëntenpopulaties behoren migrerende werknemers en ontheemden van Burman-en Karen-etniciteit38. Gedurende de tijd dat deze onderzoeken werden uitgevoerd, was behandeling met primaquine-radicalen niet routinematig.
in beide studies werden terugkerende episodes actief gedetecteerd tijdens de geplande bezoeken door middel van microscopie (de onderste detectielimiet is ongeveer 50 parasieten per \(\upmu{\mathrm{{l}}}\)). Patiënten werden aangemoedigd om naar de klinieken te komen tussen de geplande bezoeken als ze ziek waren en dus werden sommige recidieven passief gedetecteerd (minder dan 5%). Alle recidieven werden behandeld, ongeacht de symptomen.
ethische goedkeuring
de BPD-studie werd goedgekeurd door zowel de Mahidol University Faculty of Tropical Medicine Ethics Committee (MUTM 2011-043, TMEC 11-008) en de Oxford Tropical Research Ethics Committee (OXTREC 17-11) en werd geregistreerd op ClinicalTrials.gov (NCT01640574). De VHX studie werd ethische goedkeuring verleend door de Mahidol University Faculty of Tropical Medicine Ethics Committee (MUTM 2010-006) en de Oxford Tropical Research Ethics Committee (OXTREC 04-10) en werd geregistreerd op ClinicalTrials.gov (NCT01074905).Vivax History trial (VHX)
dit gerandomiseerde gecontroleerde onderzoek werd uitgevoerd tussen mei 2010 en oktober 2012. In totaal werden 644 patiënten ouder dan 6 maanden en met een gewicht van meer dan 7 kg met microscopie bevestigde ongecompliceerde P. vivax mono-species infectie (alleen P. vivax) gerandomiseerd om artesunaat (2 mg/kg per dag gedurende 5 dagen), chloroquine (25 mg base per kg verdeeld over 3 dagen: 10, 10 en 5 mg/kg) of chloroquine plus primaquine (0,5 mg base per kg per dag gedurende 14 dagen) te krijgen.
G6PD-deficiënte patiënten (zoals bepaald door de fluorescent spot test) werden alleen gerandomiseerd naar de artesunaat-en chloroquinemonotherapiegroepen. De proefpersonen werden dagelijks gevolgd voor behandeling onder toezicht. De Follow-up werd gedurende 8 weken wekelijks voortgezet en daarna iedere 4 weken gedurende in totaal 1 jaar. Patiënten met microscopie bevestigde P. vivax-infecties werden opnieuw behandeld met hetzelfde onderzoeksgeneesmiddel als in de oorspronkelijke toewijzing. Patiënten in de artesunaat-of chloroquinemonotherapiegroepen die meer dan 9 recidieven ondervonden, kregen een radicale curatieve behandeling met het standaard primaquine-regime (0,5 mg base per kg per dag gedurende 14 dagen).
Best Primaquine Dose trial (BPD)
tussen februari 2012 en juli 2014 werden 680 patiënten ouder dan 6 maanden geïncludeerd in een vierweg gerandomiseerd gecontroleerd onderzoek waarbij gelijktijdig twee primaquineschema ‘ s (0,5 mg/kg per dag gedurende 14 dagen of 1 mg/kg per dag gedurende 7 dagen) werden vergeleken in combinatie met één van de twee bloedstadiumbehandelingen.: chloroquine (25 mg base per kg) of dihydroartemisinine-piperaquine (dihydroartemisinine 7 en piperaquine 55 mg/kg). Alle doses werden onder toezicht gehouden.
de inclusie-en uitsluitingscriteria voor deze studie waren dezelfde als voor de VHX-studie, met uitzondering van de volgende: patiënten werden uitgesloten als zij G6PD-deficiëntie hadden door de fluorescentie spot test, een hematocriet hadden van minder dan 25%, of binnen 3 maanden een bloedtransfusie hadden gekregen.
Follow-upbezoeken vonden plaats op week 2 en 4 en vervolgens om de 4 weken gedurende in totaal één jaar. Elke terugkerende P. door microscopie gedetecteerde vivax-infecties (dezelfde criteria als voor VHX) werden behandeld met een standaardregime van chloroquine (25 mg base per kg gedurende 3 dagen) en primaquine (0,5 mg base per kg per dag gedurende 14 dagen).
microsatellietgenotypering
volbloed voor een volledig bloedbeeld werd verzameld door aderpunctie in een EDTA-buis van 2 mL. Het resterende volbloed werd bevroren bij -80 ° C. P. vivax genomic DNA werd geëxtraheerd uit 1 mL veneus bloed met behulp van een geautomatiseerd DNA-extractiesysteem QIAsymphony SP (Qiagen, Duitsland) en QIAsymphony DSP DNA mini kit (Qiagen, Duitsland) volgens de instructies van de fabrikant. Om de genotypische patronen van primaire infecties en recidieven te vergelijken, hebben we in eerste instantie gegenotypeerd met behulp van drie polymorfe microsatellietloci die zeer schone versterking leverden: geen stotteren pieken, en betrouwbaarheid van PCR amplificatie bij de lage parasietdichtheden meestal gevonden in terugkerende infecties. Deze kernloci waren PV.3.27, PV.3.502, en PV.ms8. Voor alle fragmenten werd een PCR-benadering op basis van seminaries12,39 goedgekeurd. Alle amplificatiereacties werden uitgevoerd in een totaal volume van 10 µL en in aanwezigheid van 10 mmol/l Tris-HCl (pH 8,3), 50 mmol/l KCl, 250 nmol/L van elke oligonucleotide primer, 2,5 mmol/l MgCl2, 125 µmol/L van elk van de vier deoxynucleosidetrifosfaten en 0,4 U TaKaRa-polymerase (TaKaRa BIO). Primaire amplificatiereacties werden gestart met 2 µL van het template genomic DNA bereid uit de bloedmonsters, en 1 µL van het product van deze reacties werd gebruikt om de secundaire amplificatiereacties in werking te stellen. De cyclische parameters voor PCR waren als volgt: initiële denaturatie gedurende 5 min bij 95 °C, gevolgd door Gloeien gedurende 30 s bij 52 °c, verlenging gedurende 30 s bij 72 °C en denaturatie gedurende 30 s bij 94 °C. Na een laatste gloeistap werd uitgevoerd, gevolgd door 2 min verlenging, werd de reactie gestopt. PCR-producten werden tot de analyse bij 4 °C bewaard.
de genotypes van parasieten in recidiverende monsters werden vergeleken met die in inschrijvingsmonsters, en monsterparen kregen een ruwe classificatie op basis van IBS, gedefinieerd als gerelateerd op basis van meerderheid IBS, indien twee of drie van de drie loci getypt bewijs van IBS vertoonden, en verschillend op basis van meerderheid niet IBS, anders. Heteroallelic gesprekken hadden bewijs van IBS als ze opgenomen een oproep die identiek was aan een andere over de vergelijking. Als de gepaarde monsters werden geclassificeerd als gerelateerd op basis van meerderheid IBS, of als een of meer van de initiële loci niet te versterken, zes extra (niet-kern) microsatelliet markers werden genotypeerd (PV.1.501, PV. ms1, PV.ms5, PV.ms6, PV.ms7 en PV.ms16). voor elk microsatelliet worden details met inbegrip van het motief, chromosoom, en positie gegeven in aanvullende tabel 3. Tellingen van afleveringen gepartitioneerd door het aantal extra markeringen met succes getypt worden gegeven in aanvullende tabel 4. Om te zien of extra markers bias terugval gevolgtrekking, we partitioneerden de kans op terugval afgeleid in de nul genetische gegevens door het aantal markers gebruikt om de kans op terugval te schatten. Extra markers niet bias recidief gevolgtrekking: de kans op recidief neemt af ten opzichte van de prior met een tot drie markers, stabiliseren rond 0,25 daarna (aanvullende Fig. 5).
voor allelen die de microsatellieten oproepen, werden de lengtes van de PCR-producten gemeten in vergelijking met interne groottestandaarden (Genescan 500 LIZ) op een ABI 3100 Genetic analyzer (PE Applied Biosystems), met behulp van GENESCAN en GENOTYPERSOFTWARE (Applied Biosystems) om allellengtes te meten en piekhoogtes te kwantificeren. Meerdere allelen werden genoemd wanneer er meerdere pieken per locus en waar kleine pieken waren \(> 33 \%\) van de hoogte van het overheersende allel. We hebben negatieve controlemonsters (menselijk DNA of geen sjabloon) opgenomen in elke amplificatie run. Een subgroep van de monsters (n = 10) werd in drievoud geanalyseerd om de consistentie van de verkregen resultaten te bevestigen. Alle paren primers werden getest op specificiteit gebruikend genomic DNA van P. falciparum of mensen.
Time-to-event model van vivax malaria recidief
voor recidiverende P. vivax infecties in de VHX en BPD studies hebben we twee Bayesiaanse mixed-effectmengsel modellen ontwikkeld en vergeleken die de time-to-event gegevens beschrijven afhankelijk van het toegediende behandelingsmedicijn. Het eerste model (model 1) ging uit van 100% werkzaamheid van hoge doses primaquine met alleen herinfectie mogelijk na radicale genezing. Het tweede model (model 2) liet een terugval en recrudescentie toe na een hoge dosis primaquine. Een volledige lijst van aannames met betrekking tot beide modellen is te vinden in aanvullende tabel 5. Model 1 diende als basismodel om robuustheid te beoordelen. Model 2 werd gebruikt als het definitieve model en alle gerapporteerde schattingen zijn daarvan afgeleid. De notatie werd gekozen om consistent te zijn met de wiskundige notatie voor het genetische model (zie hieronder). Merk op dat in de modelnotatie die volgt \(n\) een index is, terwijl deze hierboven wordt gebruikt om tellingen aan te duiden. Voor elk individu geïndexeerd door het subscript \(n\in 1..N\), noteren we de tijdsintervallen (in dagen) tussen opeenvolgende P. vivax afleveringen (de inschrijving episode wordt aangeduid episode 0). Het Laatste tijdsinterval wordt juist gecensureerd aan het einde van de follow-up. De modellen veronderstellen geen selectie bias van verlies aan follow-up. Voor de \({n}{{\mathrm{{ste}}}}\) individuele gegevens omtrent de tijd interval \(t\) (de tijd tussen aflevering \(t-1\) en episode \(t\)) is van de vorm \({{\boldsymbol{x}}}_{n}^{(t)}\) = {\({D}_{n}^{t},{Z}_{n}^{t},{C}_{n}^{t},{S}_{n}\)}, waarbij \({D}_{n}^{t}\in \{{\rm{ALS}},{\rm{CQ}},{\rm{PMQ}}+\}\) is de drug combinatie gebruikt voor de behandeling van aflevering \(t-1\) (ALS: artesunaat monotherapie; CQ: chloroquine monotherapie; PMQ\({}^{+}\): primaquine plus behandeling in het bloedstadium), \({z}_{n}^{t}\) is het tijdsinterval in dagen, \({c}_{n}^{t}\in \{0,1\}\) geeft aan of het interval gecensureerd is waarbij 1 overeenkomt met een juiste gecensureerde waarneming (d.w.z. follow-up beëindigd voordat de volgende recidief werd waargenomen) en 0 overeenkomt met een waargenomen terugkerende infectie, en \({s}_{n}\) geeft het onderzoek aan waarin de patiënt werd gerekruteerd (1: VHX, 2: BPD).). Laat in het algemeen \({{\boldsymbol{x}}}_{n}\) = {\({{\boldsymbol{x}}}_{n}^{(0)},\ldots ,{{\boldsymbol{x}}}_{n}^{(T)}\)} geven alle beschikbare tijd-tot-gebeurtenis gegevens aan voor het individu \({n}{{\mathrm{{th}}}}\). Weinig recidieven (acht) is opgetreden in de eerste 8 weken voor patiënten gerandomiseerd naar de dihydroartemisinin-piperaquine armen van de BPD-proef, zodat we gemodelleerd het post-profylactische periode van piperaquine als identiek aan dat van chloroquine (d.w.z. PMQ\({}^{+}\) zowel chloroquine en dihydroartemisinin-piperaquine bloed-fase behandelingen). In werkelijkheid zijn de eliminatieprofielen en intrinsieke activiteiten enigszins verschillend, waarbij piperaquine een iets langere aseksuele fase suppressie biedt dan chloroquine.
in beide modellen wordt de tijd tot recidief gemodelleerd als een mengsel van vier verdelingen, met menggewichten afhankelijk van de behandeling van de vorige episode. De mengselverdelingen komen overeen met de verschillende herhalingstoestanden. De vier mengsels zijn: herinfectie, gegeven door een exponentiële verdeling; vroege (periodieke) terugval, gegeven door een Weibull verdeling met behandelingsdrugafhankelijke parameters; late (constante-rate) terugval, gegeven door een exponentiële distributie; recrudescence, gegeven door een exponentiële distributie. Model 2 specificeert verschillende mengverhoudingen voor de herinfectie component in de niet-primaquine en primaquine groepen, respectievelijk \({p}_{n}^{{\rm{AS}}}={p}_{n}^{{\rm{CQ}}}\) en \({p}_{n}^{{\rm{PMQ+}}}\). De mengverhouding tussen vroege/periodieke en late / constante recidief binnen de recidiefcomponent is hetzelfde voor primaquine-en niet-primaquinegroepen.
de waarschijnlijkheid voor model 2 wordt gegeven als
waar \({p}_{n}^{(\cdot )}\in (0,1)\) de individuele en drug-specifiek mengsel waarschijnlijkheid van herinfectie (we stellen het voorgaande, in overeenstemming met onze overtuiging dat \({p}_{n}^{{\rm{ALS}}}={p}_{n}^{{\rm{CQ}}}\ < \ {p}_{n}^{{\rm{PMQ+}}}\) en \({c}^{(\cdot )}\in (0,1)\) de geneste geneesmiddel-specifieke mengsel kans op recrudescentie.
de waarschijnlijkheid voor model 1 is hetzelfde, behalve dat \({p}_{n}^{{\rm{PMQ+}}} = 1\) (alleen herinfectie mogelijk). \({\mathcal{E}} (\cdot )\) geeft de exponentiële verdeling aan. In beide modellen is \({\lambda }_{{s}_{n}}\) de studiespecifieke herinfectie. De relatie tussen \({\lambda }_{1}\) en \({\lambda }_{2}\) wordt geparametriseerd als \({\lambda }_{2}=\delta {\lambda }_{1}\) waar priores zijn opgegeven voor \({\lambda }_{1}\) en \(\delta\). \(\delta\) gaf de afname van de transmissie tussen de VHX-en BPD-studieperioden aan. \({\lambda} _{{\rm{RC}}}\) is de recrudescentiesnelheid (aangenomen dat het geneesmiddel onafhankelijk is). \({c}^{{d}_{n}^{t}}\) is een geneesmiddelafhankelijke geneste mengverhouding tussen recidief en recidief. De tijd tot terugval is zelf een mengselverdeling waarbij \(q\) de dubbel geneste mengverhouding is tussen vroege (eerste component) en late (tweede component) terugval. Dit is een vast percentage over alle individuen. De late / constante-rate recidieven worden geparametreerd door de snelheidsconstante \(\gamma\). De vroege recidieven worden verondersteld te zijn Weibull gedistribueerd, aangeduid \({\mathcal{W}}(\cdot ,\cdot )\), met drug-afhankelijke schaalparameters \({\mu} _{{{d}_{n}^{t}}\) en vormparameters \({k}_{{d}_{n}^{t}}\) waarbij met \({\mu} _{{\rm {CQ}}}={\mu} _{{\rm{PMQ+}}}\) en \({K}_{{\rm{cq}}}={k}_{{\RM {PMQ+}}}\).
de individuele marginale kans op herinfectie wordt gegeven door \({p}_{N}^{{{D}_{N}^{t}}\); de individuele marginale kans op herinfectie wordt gegeven door \(\left {c}^{{D}_{n}^{t}}\); de individuele marginale kans op recidief wordt gegeven door \(\left\left\).
we gebruikten informatieve eerdere verdelingen (aanvullende tabel 1) om de identificeerbaarheid van de mengselbestanddelen te waarborgen. Informatie-inhoud in de gegevens, naast de in de voorafgaande, werd visueel onderzocht met behulp van prior-to-posterior plots. De voor-naar-posterieure grafiek voor model 2 is weergegeven in aanvullende Fig. 6. De identificeerbaarheid van parameters werd bepaald door simulatie. Vijftig synthetische datasets werden getrokken uit elk van de data genererende processen gedefinieerd door modellen 1 en 2 en een gewijzigde versie van model 2 waarin seizoensgebonden herinfectie. De seizoenscomponent werd geschat op basis van de empirische verdeling van de week van inschrijving in de BPD-en VHX-studies. De modellen werden vervolgens aangepast aan deze gesimuleerde datasets en geschatte parameters werden vergeleken met simulatie-waarheid parameters. Aanvullende Fig. 7 toont de geschatte PMQ+ – uitvalpercentages (met behulp van model 2) versus de werkelijke uitvalpercentages voor respectievelijk gegevens die zijn gegenereerd onder model 2 (goed gespecificeerde model fit) en gegevens die zijn gegenereerd onder de seizoensgebonden versie van model 2 (mis-gespecificeerde model fit). Seizoensgebonden herinfectie resulteert in een lichte overschatting van het faalpercentage. Posterieure model controle werd gedaan door het simuleren van 500 synthetische time-to-event datasets onder de posterieure voorspellende verdeling van de uiteindelijke model fit. Het aantal recidieven per persoon-jaar voor elke behandelingsarm werd gekozen als samenvattende statistieken die worden gebruikt om posterieure voorspellende p-waarden te berekenen (aanvullende Fig. 7).
de stan-modellen output i) Monte Carlo posterior distributies voor alle modelparameters; ii) posterior schattingen van recidieftoestanden voor elk tijdsinterval \({{\boldsymbol{x}}}_{n}^{(t)}\); iii) log waarschijnlijkheidsschattingen van elke posterior draw. Voor elk model liepen we acht kettingen met \(1{0}^{5}\) iteraties, dunner worden per 400 iteraties en de helft weggooien voor burn-in. De convergentie van de MCMC-ketens werd beoordeeld aan de hand van traceplots waarbij menging en overeenstemming van de acht onafhankelijke ketens werden beoordeeld. Al deze analyses kunnen worden gerepliceerd met de online GitHub repository.
Allelfrequenties en effectieve cardinaliteit
voor elk gegenotypeerd microsatelliet werden allelfrequenties geschat aan de hand van alle beschikbare genetische gegevens van de inschrijvingsepisodes (137 VHX, 79 BPD) en een MULTINOMIAAL-Dirichlet model (aanvullende Fig. 8). Voor elke marker werd de effectieve kardinaliteit \({n}^{* }\), gedefinieerd als het aantal allelen dat bij toeval dezelfde kans op identiteit geeft gegeven equifrequente allelfrequenties, geschat als één over de som van de allelfrequenties squared40. Uit de effectieve kardinaliteiten kunnen we het aantal hypothetische biallelische SNP ‘ s berekenen dat de negen microsatellieten als volgt gelijk stellen:
waarin \(m\) de index is over de \(M=9\) microsatellieten en de logaritme basis \({n}_{{\rm{SNP}}}^{* }\), de veronderstelde gemiddelde effectieve kardinaliteit van een hypothetische SNP. Dit is 2 voor een ideale SNP en ongeveer 1,5 voor een realistische SNP40.
genetisch model
het genetische model geeft de kans dat een terugkerende P. vivax episode in een bepaald individu is een recrudescentie, terugval of herinfectie met betrekking tot eerder waargenomen episodes, gegeven drie inputs: (1) eerdere waarschijnlijkheid dat de episode een recrudescentie, terugval of herinfectie is (in dit werk zijn ze gebaseerd op time-to-event gegevens); (2) een set van populatie-niveau allelfrequentie schattingen; (3) beschikbare genetische gegevens voor de waargenomen episodes voor de gegeven individu elk met ten hoogste negen polyallelische microsatelliet markers. Om onzekerheid in (1) en (2) te verspreiden, trekken we 100 Monte Carlo-monsters uit het time-to-event-model en uit de achterste Dirichlet-distributies over allelfrequenties voor elke marker. Het genetische model vangt geen onzekerheid toe te schrijven aan variatie in het aantal genotyped tellers aangezien het computationeel prohibitief is om dit op dit ogenblik te doen. Niettemin, interpreteert het genetische model beperkte gegevens niet: wanneer genotyped tellers weinig zijn geeft het eenvoudig schattingen dicht bij prior terug. De rest van deze sectie geeft een informele beschrijving van het model. Een gedetailleerde beschrijving met een lijst van aannames en de volledige wiskundige specificatie is te vinden in de aanvullende methoden.
voor een bepaald individu worden parasieten binnen en tussen infecties beschouwd als vreemden, broers en zussen, of klonen in relatie tot elkaar (vreemden verwijst naar alle parasieten wiens gezamenlijke voorouders dateren dan een enkele mug). De set van Inter-parasiet relaties kan worden weergegeven door een volledig verbonden grafiek. Elk vertex vertegenwoordigt een haploïde genotype, en elke rand tussen genotypes wordt geëtiketteerd als broer of zus of een vreemdeling wanneer de genotypes binnen dezelfde besmetting zijn opgenomen, of als kloon, broer of zus of een vreemdeling wanneer de genotypes van verschillende besmettingen zijn. Voor complexe infecties wordt het aantal hoekpunten gelijk gesteld aan de COI, wat gedefinieerd wordt als het maximale aantal allelen per waargenomen marker.
het model gaat ervan uit dat relapsen kunnen optreden voor alle interparasitaire relaties tussen infecties (vreemden, broers en zussen en klonen), terwijl herinfecties alleen voorkomen als vreemden, en recrudescences alleen als klonen. De belangrijkste stappen in het model zijn als volgt. Eerst berekenen we de waarschijnlijkheid van de genetische gegevens gegeven een gelabelde relatie grafiek. Ten tweede berekenen we de waarschijnlijkheid van de voorgestelde grafiek gezien het feit dat de terugkerende episode een terugval, een terugval en een herinfectie is. Ten derde, we sommen over alle mogelijke grafieken. De reeks geëtiketteerde grafieken omvat alle mogelijke manieren om de microsatellietgegevens te faseren (d.w.z. allelen toe te schrijven aan haploïde genotypes in complexe besmettingen) evenals alle levensvatbare relaties tussen haploïde genotypes. Bijvoorbeeld, als genotype A een kloon van B is en B een kloon van C is, is de enige levensvatbare relatie tussen A en C klonen.
het begrip verwantschap (waarschijnlijkheid van IBD) komt in de eerste stap voor. Het model schat echter geen verwantschap in. In plaats daarvan schat het de waarschijnlijkheid van het observeren van de gegevens gegeven IBD vermenigvuldigd met de waarschijnlijkheid van IBD afhankelijk van een gespecificeerde relatie (bijvoorbeeld 0,5 voor broers en zussen in een outbred populatie). Bij deze berekening wordt gebruik gemaakt van allelfrequenties (gedeelde allelen zijn waarschijnlijk identiek, maar niet noodzakelijk vanwege afdaling, terwijl gedeelde zeldzame allelen waarschijnlijker IBD zijn). Vervolgens hebben We de som over de twee mogelijke IBD scenario ‘ s (allelen IBD of niet) verkrijgen van de graad van waarschijnlijkheid van de waargenomen gegevens afhankelijk van de aangegeven relatie,
dit wordt berekend voor alle paarsgewijze relaties in de relatiegrafiek (zie aanvullende methoden voor alle details).
de computationele complexiteit van het genetische model beperkt het tot de gezamenlijke analyse van drie episodes (twee recidieven) per patiënt (in onze gegevens is dit het geval voor 158 patiënten). Voor elk individu met meer dan twee recidieven (54 patiënten), schatten we de paarsgewijze waarschijnlijkheid van recidief toestanden tussen episodes (met behulp van het bovenstaande model) en construeerden we een adjacency matrix. De kans op recidief werd vervolgens gedefinieerd als evenredig met de maximale geschatte kans op recidief met betrekking tot alle voorgaande episodes, en die van recidief met betrekking tot de direct voorafgaande episode. De kans op herinfectie is het complement van de kans op terugval plus recrudescentie. Deze waarschijnlijkheden werden vervolgens opnieuw gewogen tot een som van 1.
genetische simulatie
we gebruikten simulatie om markervereisten voor terugkerende toestands-gevolgtrekking te onderzoeken. Zoals hierboven beschreven, werden gegevens over 3 tot 12 onafhankelijke microsatellietmarkers gesimuleerd voor gepaarde infecties (een primaire episode gevolgd door een enkele recidief) onder drie scenario ‘ s: de recidief bevat een haploïde parasiet genotype dat ofwel een broer of zus, vreemdeling, of kloon van een haploïde parasiet genotype in de primaire infectie. De gesimuleerde gegevens werden geanalyseerd uitgaande van een uniforme prior ten opzichte van de recidiefstatussen (d.w.z. recrudescentie, herinfectie en recidief hebben elk een eerdere kans van een derde). Voor elk van de vreemdeling, broer of zus en klonen scenario ‘s, we gesimuleerde gegevens voor een initiële en terugkerende infectie met de respectieve COIs 1 & 1, 2 & 1, en 1 & 2, met en zonder fout; en respectieve Coi’ s 3 & 1, Zonder fout. Om het gedrag van het model bij toepassing op foutieve gegevens te illustreren, werden gegevens met fouten gesimuleerd met behulp van een extreem hoge per-locus kans op fouten (0,2 versus realistische fout).\(<\ 0.01\)41). Wanneer COIs overschreden een, de broer of zus, vreemdeling, of kloon was onder ongerelateerde vreemdeling haploid genotypes (een relatie grafiek met ten hoogste een enkele niet-vreemdeling rand). Voor een bepaalde reeks Coi ‘ s levert dit type grafiek zeer diverse gegevens op en is het dus de meest uitdagende om te analyseren. Voor niet-foutieve episodes met Coi ‘ s in 1 of 2, verkenden we kardinaliteiten van 13 en 4 (Het gemiddelde en minimum, respectievelijk, van ons paneel van negen microsatellieten). Voor de foutieve gegevens en voor de afleveringen met Coi ‘ s van 3 & 1 gebruikten we alleen kardinaliteit gelijk aan 13. De resultaten van een illustratieve deelverzameling van de genetische simulaties worden weergegeven in Fig. 5 en aanvullende vijgen. 3 en 4. Alle genetische simulaties kunnen worden gerepliceerd vanuit de online GitHub repository, zie map Simulation_Study.
Classification of recurrent episodes
the estimation of the false-failure discovery rate of the genetic model and Fig. 4 beide maken het noodzakelijk classificatiegrenzen vast te stellen. We kozen willekeurig het interval als de zone van onzekerheid. Elke recidief wordt ofwel geclassificeerd als een herinfectie of als een mislukking een recidief of een recidief is: als de som van de bovenste geloofwaardige intervallen van recidief plus recidief kleiner is dan 0,3, wordt de recidief geclassificeerd als een herinfectie; als de som van de lagere geloofwaardige intervallen van recidief plus recidief groter is dan 0,7, wordt de recidief geclassificeerd als een mislukking; anders wordt de classificatie als onzeker beschouwd. Aangezien er verwaarloosbaar bewijs was van recudescentie, zijn alle mislukkingen in wezen relapsen.
Rapportagesamenvatting
nadere informatie over de opzet van het onderzoek is beschikbaar in de aan dit artikel gekoppelde samenvatting van de Nature Research Reporting.