w 1969 roku Henry Brubaker przybywa do więzienia stanowego Wakefield w Arkansas przebrany za więźnia. Natychmiast jest świadkiem szerzącej się przemocy i korupcji, w tym otwartej i endemicznej napaści seksualnej, tortur, zjadanej przez robaki chorej żywności, oszustw i szalejącego przeszczepu. Podczas dramatycznego impasu z udziałem Waltera, obłąkanego więźnia, który był przetrzymywany w izolatce, Brubaker ujawnia się jako nowy naczelnik więzienia, ku zdumieniu zarówno więźniów, jak i urzędników.
Brubaker próbuje zreformować Więzienie, mając na uwadze rehabilitację więźniów i prawa człowieka, często zderzając się ze skorumpowanymi urzędnikami w Państwowym zarządzie więziennictwa, którzy od dziesięcioleci czerpią korzyści z przeszczepu. Rekrutuje kilku długoletnich więźniów, w tym powiernika Larry Lee Bullen, Richarda „Dickie” Coombesa i byłego urzędnika naczelnika Purcella (który potajemnie pozostaje lojalny wobec pozbawionych skrupułów powierników), aby pomóc mu w reformie. Lillian Gray, Specjalista ds. public relations w biurze gubernatora, również próbuje wpłynąć na Brubakera, aby zreformował więzienie w sposób, który rzuci gubernatora w pozytywne światło.
aby ulepszyć Więzienie, Brubaker zwalnia swojego nieuczciwego księgowego, który zbudował zapas nielegalnej żywności pozornie dla więźniów, ale faktycznie sprzedawanej dla zysku, wyrzuca byłego lekarza więziennego z placówki, gdy dowiaduje się, że więźniowie byli oskarżani o leczenie i spala nielegalną chatkę przyjemności na terenie więzienia, gdzie mieszkali wpływowy wierny Huey Rauch i jego dziewczyna Carol. Po awarii dachu w koszarach, Brubaker spotyka się z C. P. Woodwardem, sprzedawcą drewna i długoletnim uczestnikiem programu przeszczepów więziennych. Oskarżając Woodwarda o wykorzystywanie więźniów jako niewolniczej pracy i celowe kieszonkowanie pieniędzy kontraktowych podczas celowego budowania tandetnego, nieubezpieczonego dachu, Brubaker rozwiązuje kontrakt Woodwarda. Nadzoruje również tworzenie Rady więźniów, pozwalając więźniom na samodzielne rządzenie. Podczas pierwszego posiedzenia Rady więźniów, Abraham Cook, starszy czarny więzień nadal więziony trzy lata po zakończeniu wyroku, odciąga Brubakera na bok i wyznaje, że został poinstruowany, aby konstruować trumny dla zamordowanych więźniów. Eddie Caldwell, sadystyczny powiernik, zauważa, a on, Purcell i Rauch zwabiają Abrahama na oddział medyczny, gdzie jest torturowany telefonem Tuckera. Brubaker bierze udział w zebraniu Rady więziennej, gdzie odkrywa, że wielu członków jest wściekłych na zakłócenie ich planów przeszczepów poprzez jego reformy i nie są zainteresowani inwestowaniem pieniędzy w poprawę więzienia. Brubaker oskarża szefa Rady więziennej Johna Deacha o defraudację więzienia poprzez polisy ubezpieczeniowe na nieistniejącym sprzęcie rolniczym (opuszczając budynki więzienne nieubezpieczone) przed szturmem na spotkanie.
rankiem po zebraniu zarządu więzienia Brubaker budzi się i odkrywa ciało Abrahama zawieszone na maszcie rezydencji naczelnika. Podczas eksploracji obszaru, który Abraham mu ujawnił, Brubaker odkrywa wiele nieoznakowanych grobów, w których znajdują się ciała więźniów, którzy zginęli gwałtownie. Wieść dociera do biura gubernatora, a Gray wraz z Edwardsem, liberalnym członkiem zarządu więzienia i skorumpowanym senatorem stanu Hite, próbują przekonać Brubakera, aby przestał kopać groby z obietnicą finansowania więzienia, próbując przekonać go, że zamiast tego odkrył cmentarz starych biedaków. Brubaker odmawia i kontynuuje wykopaliska. Rauch niegrzecznie ubolewa nad wyznaniem Abrahama, a Coombes, wiedząc, że Rauch jest zamieszany w śmierć Abrahama, grozi Rauchowi, który następnie ucieka z więzienia i ukrywa się w lokalnej restauracji. Brubaker i kilku powierników ścigają go, a w wyniku strzelaniny Bullen i Rauch zostają zabici. Z powodu rozlewu przemocy poza murami więzienia, Zarząd zwalnia Brubakera i organizuje przesłuchanie o ekshumowanych ciałach, w którym zarząd nadal kłamie na temat ich pochodzenia. Brubaker wchodzi i komentuje oszczędzanie pieniędzy podatników, strzelając do więźniów, a nie wysyłając ich do Wakefield, co rozwściecza Deacha. Brubaker odchodzi, a Gray podąża za nim, błagając go o kompromis, ale ten odmawia kompromisu w sprawie morderstwa.
Brubaker wychodzi z więzienia. nowy naczelnik, hardline disciplinarian Rory Poke, zwraca się do więźniów. Coombes podchodzi do Brubakera i mówi mu po prostu: „miałeś rację.”Coombes zaczyna klaskać, a skazańcy ignorują szturchanie i zbliżają się do ogrodzenia, klaszcząc na pożegnanie z łzawym Brubakerem.
karta tytułowa czyta:
dwa lata po zwolnieniu Henry ’ ego Brubakera 24 więźniów, dowodzonych przez Richarda „Dickie” Coombesa, wniosło pozew przeciwko Wakefield Prison. Sąd orzekł, że traktowanie więźniów w Wakefield było niekonstytucyjne i nakazał reformę lub zamknięcie więzienia.Gubernator nie został ponownie wybrany.