aktywna postać dnaa wiąże się z ATP. Bezpośrednio po podziale komórki poziom aktywnego DnaA w komórce jest niski. Chociaż aktywna forma DnaA wymaga ATP, tworzenie kompleksu oriC / DnaA i późniejsze odwijanie DNA nie wymaga hydrolizy ATP.
miejsce oriC w E. coli ma trzy bogate 13 regionów pary zasad (DUEs), a następnie cztery regiony 9 bp z sekwencją TTAT(C lub A)CA(C lub A)A. około 10 cząsteczek DnaA wiąże się z regionami 9 bp, które owijają się wokół białek, powodując rozwój DNA w regionie bogatym w AT. W obrębie oriC znajduje się 8 miejsc wiązania DnaA, do których dnaa wiąże się z różnym powinowactwem. Kiedy replikacja DNA ma się rozpocząć, DnaA zajmuje wszystkie miejsca wiązania o wysokim i niskim powinowactwie. Denaturowany region at-rich pozwala na rekrutację dnab (helicase), który kompleksuje się z DnaC (helicase loader). DnaC pomaga helikazie wiązać się i prawidłowo pomieścić ssDNA w regionie 13 bp; osiąga się to poprzez hydrolizę ATP, po której uwalniany jest DnaC. Jednoniciowe białka wiążące (SSB) stabilizują pojedyncze nici DNA w celu utrzymania pęcherzyka replikacyjnego. DnaB jest helikazą 5 '→3′, więc przemieszcza się po nici opóźnionej. Łączy się z dnag (prymazą) tworząc jedyny Starter dla wiodącej nici i dodając startery RNA na opóźnionej nici. Interakcja między DnaG i DnaB jest niezbędna do kontrolowania długości geograficznej fragmentów Okazaki na nici opóźnionej. Polimeraza DNA III jest wtedy w stanie rozpocząć replikację DNA.
DnaA składa się z czterech domen: pierwszy to N-końcowy, który wiąże się z białkami regulatorowymi, drugi to spiralny region łączący, trzecia domena to region AAA+, który wiąże się z ATP, a czwarta domena to C-końcowy region wiążący DNA. DnaA zawiera dwa zachowane regiony: pierwszy znajduje się w centralnej części białka i odpowiada domenie wiążącej ATP, drugi znajduje się w C-końcowej połowie i bierze udział w wiązaniu DNA.