1 stycznia 1918 roku dwunastu studentów z czterech stanów spotkało się z Norą Chambers w pokoju na piętrze wydawnictwa Church of God w Cleveland w stanie Tennessee. To pierwsze spotkanie klas Kościoła Bożego biblijnego szkolenia szkoły (BTS) doprowadziły do założenia Lee University. Początkowo Chambers służył jako jedyny członek wydziału, a kilkunastu studentów tworzyło całe ciało studenckie. Pierwsze dwa absolwenci otrzymali dyplomy w kwietniu 1919 roku, a program korespondencyjny został zainicjowany we wrześniu 1919 roku, który zwiększył ogólną liczbę uczniów szkoły do 788. W następnych dziesięcioleciach, BTS rozszerzył swój wydział i program nauczania i przeniósł się do kampusu w Sevierville w 1938.
w 1947 BTS przeniósł się z powrotem do Cleveland, zajął niedawno zakupiony większy kampus i został nazwany Lee College na cześć Flavius J. Lee, wczesnego lidera w denominacji i drugiego prezydenta szkoły. Kolegium rozszerzyło swój nacisk na włączenie zarówno studiów biblijnych, jak i tradycyjnych sztuk wyzwolonych w czteroletnim programie nauczania. W 1959 Lee ’ s Bible College został akredytowany przez Accrediting Association of Bible Colleges, a w 1960 junior college został akredytowany przez Southern Association of Colleges and Schools (SACS). W 1969 roku SACS przyznało Lee pełną akredytację jako Czteroletni Uniwersytet sztuk wyzwolonych. Od 1970 do początku 1990, Lee doświadczył ogromnego wzrostu, zwiększając swoją rekrutację do ponad 2,600 studentów, co czyni go jednym z największych i najszybciej rozwijających się uczelni prywatnych w Tennessee. W 1990 roku uczelnia dodała swój pierwszy Program Absolwent, mistrz muzyki kościelnej, do swoich dwudziestu ośmiu licencjackich kierunków. W 1996 studenci z czterdziestu sześciu stanów i dwudziestu siedmiu innych krajów uczestniczyli w zajęciach na 60-akrowym kampusie w centrum Cleveland.
w 1996 Rada Dyrektorów Lee College postanowiła radykalnie zmienić szkołę, uruchamiając plan dla instytucji, która wezwała do reorganizacji i wyznaczenia jako Lee University. W sierpniu 1, 1997, Lee University został formalnie w miejscu; obejmował cztery jednostki akademickie: College of Liberal Arts and Sciences, Szkoła muzyczna, Szkoła ministerstwa, i College of Education. Rada pozostawiła bez wpływu na misję, cele instytucjonalne, politykę i procedury operacyjne instytucji. W ten sposób, silne powiązania Lee University z jego macierzystej denominacji i jej zaangażowanie w zapewnienie wysokiej jakości, przystępne edukacji w kontekście chrześcijańskim nadal kierować priorytety instytucji. Lee University pozostał koedukacyjny od momentu założenia i, zgodnie ze swoim zielonoświątkowym dziedzictwem, prowadzi Centrum Badań zielonoświątkowych, które szczyci się najobszerniejszymi dostępnymi zbiorami na temat pentekostalizmu. Zdeterminowany, aby utrzymać swoją szerzej opartą tożsamość chrześcijańską, Lee University identyfikuje się jako ” Kampus, w którym Chrystus jest Królem.”