Wojna secesyjna podzieliła Tennessee tak samo jak naród.
gdy w lutym 1861 roku państwo po raz pierwszy przegłosowało secesję, mieszkańcy odrzucili opuszczenie Unii. Drugie głosowanie odbyło się w czerwcu 1861 roku, po ostrzale Fortu Sumter i wezwaniu Lincolna do Tennessee dla żołnierzy; 105 000 głosowało za opuszczeniem Unii, a 47 000 przeciw. West Tennessee, którego gospodarka plantacyjna opierała się na pracy zniewolonych, poparło secesję, zanim siły Stanów Zjednoczonych ostrzelały Fort Sumpter w 1861 roku. Mieszkańcy Wschodu, którzy posiadali znacznie mniej zniewolonych, sprzeciwiali się secesji. Środkowi działacze byli podzieleni między awanturniczych secesjonistów i bardziej ambiwalentnych Unionistów. Chociaż stan ostatecznie głosował za opuszczeniem Unii (i był to ostatni stan, który to zrobił), Wschodnie Tennessee pozostało twierdzą Unionistów przez całą wojnę, a wielu z 31 000 Tennessee, którzy służyli w Armii Stanów Zjednoczonych, pochodziło ze wschodniego Tennessee.
podczas wojny secesyjnej rzeki i szyny Tennessee były kluczowymi arteriami na głębokim południu, a zarówno siły Stanów Zjednoczonych, jak i Konfederatów walczyły ciężko, aby je kontrolować w głównych bitwach, takich jak Fort Donelson, Shiloh, Stones River, Chattanooga, Franklin i Nashville. W połowie 1862 roku wojska Unii zajęły większość środkowego i zachodniego Tennessee, podczas gdy Konfederaci zajęli większość wschodniego Tennessee. Konfederackie siły nieregularne rozpoczęły wielokrotne kampanie partyzanckie przeciwko okupującym siłom amerykańskim, utrzymując Zachodni Teatr Wojny Secesyjnej aktywny przez cały konflikt. Podobnie amerykańscy nieregularnicy przeprowadzali naloty i ataki we wschodnim Tennessee. Zwykli mieszkańcy stanęli w obliczu ogromnych trudności podczas wojny, tracąc majątek, stabilność i życie. Zniewoleni niewolnicy uciekli przez linie federalne, szukając wolności tylko po to, aby być przetrzymywani w obozach kontrabandy; wśród nich sprawni Afroamerykanie podejmowali najniebezpieczniejsze i najmniej pożądane zadania wojenne jako część wojsk amerykańskich (U. S. C. T.).
po zakończeniu wojny secesyjnej w 1865 roku, Tennessee stało się pierwszym secesyjnym stanem, który powrócił do Stanów Zjednoczonych, co oznaczało początek odbudowy i wielowiekowych wysiłków na rzecz ponownego wyobrażenia społeczeństwa, w którym ludzie wszystkich kolorów cieszyli się pełnymi prawami obywatelstwa.
Zdjęcie oznaczające kontrabandę, zniewolonego człowieka, który uciekł przez linie federalne podczas wojny secesyjnej.
Kurtz & Allen c1891 druk Bitwy pod Nashville. Zwróć uwagę na USCT widoczne w tle.