a forma activa DnaA está ligada à ATP. Imediatamente após a divisão de uma célula, o nível de DnaA ativo dentro da célula é baixo. Embora a forma activa da DnaA exija ATP, a formação do complexo oriC/DnaA e subsequente desenrolamento do ADN não exige hidrólise ATP.
O oriC site em E. coli tem três rica de 13 pares de base regiões (Cotas), seguido de quatro 9 bp regiões com a sequência TTAT(C ou A)CA(C ou A)A. Cerca de 10 DnaA moléculas de vincular a 9 bp regiões, que envolvem a proteínas fazendo com que o DNA na região rica em para relaxar. Existem 8 locais de ligação DnaA dentro da oriC, aos quais a DnaA se liga com afinidade diferencial. Quando a replicação do ADN está prestes a começar, a DnaA ocupa todos os locais de ligação de alta e baixa afinidade. A região rica em AT desnaturados permite o recrutamento de DnaB (helicase), que complementa com DnaC (helicase loader). DnaC ajuda a helicase a se ligar e acomodar adequadamente o ssDNA na região de 13 bp; isso é realizado por hidrólise ATP, após o que DnaC é liberado. Proteínas de ligação de uma cadeia única (SSBs) estabilizam as cadeias de ADN únicas, a fim de manter a bolha de replicação. DnaB é uma helicase 5’→3′, por isso viaja na cadeia retardada. Ele associa-se com DnaG (uma primase) para formar a única primer para a cadeia líder e para adicionar Rna primers na cadeia atrasada. A interação entre a DnaG e a DnaB é necessária para controlar a longitude dos fragmentos de Okazaki na cadeia retardada. A ADN polimerase III é então capaz de iniciar a replicação do ADN.
DnaA é composta por quatro domínios: o primeiro é o N-terminal que associa com proteínas regulatórias, o segundo é uma região de linker helicoidal, o terceiro domínio é uma região AAA+ que se liga a ATP, e o quarto domínio é a região de ligação do DNA C-terminal. DnaA contém duas regiões conservadas: a primeira está localizada na parte central da proteína e corresponde ao domínio de ligação ATP, a segunda está localizada na metade C-terminal e está envolvida na ligação de DNA.