1969 anländer Henry Brubaker till Wakefield State Prison i Arkansas förklädd som en fånge. Han bevittnar omedelbart skenande övergrepp och korruption, inklusive öppna och endemiska sexuella övergrepp, tortyr, maskridd sjuk mat, bedrägeri, och skenande transplantat. Under en dramatisk dödläge med Walter, en galen fånge som hölls i isolering, avslöjar Brubaker sig vara den nya fängelsevakten, till förvåning för både fångar och tjänstemän.
Brubaker försöker reformera fängelset, med ett öga mot fångrehabilitering och mänskliga rättigheter, kolliderar ofta med korrupta tjänstemän på statsfängelsetjänsten som har dragit nytta av transplantat i årtionden. Han rekryterar flera långvariga fångar, inklusive trustys Larry Lee Bullen, Richard ”Dickie” Coombes, och tidigare warden ’ s clerk Purcell (som i hemlighet förblir lojal mot de skrupelfria trustys) för att hjälpa honom med reformen. Lillian Gray, en PR-specialist för guvernörens kontor, försöker också påverka Brubaker att reformera fängelset på ett sätt som kommer att kasta guvernören i ett positivt ljus.
för att förbättra fängelset avfyrar Brubaker sin krokiga bokhållare, som byggde upp en stash av olaglig mat uppenbarligen för fångar men faktiskt såldes för att generera vinst, kastar den tidigare fängelseläkaren ut ur anläggningen när han lär sig att fångar anklagades för medicinsk behandling och bränner ner en olaglig nöjeshytt på fängelseområden där inflytelserika pålitliga Huey Rauch och hans flickvän Carol bodde. Efter en felaktig takgrotta i fängelsebarackerna möter Brubaker C. P. Woodward, en timmerförsäljare och långvarig deltagare i fängelsegraftschemat. Anklagar Woodward för att använda fångar som slavarbete och avsiktligt kasserar kontraktspengar medan han avsiktligt bygger ett luddigt, oförsäkrat tak, avslutar Brubaker Woodwards kontrakt. Han övervakar också bildandet av ett fångråd, så att de intagna kan styra sig själva. Under det första mötet i inmate council, Abraham Cook, en äldre svart fånge som fortfarande fängslades tre år efter slutet av sin dom, drar Brubaker åt sidan och erkänner att han fick i uppdrag att bygga kistor för mördade fångar. Eddie Caldwell, en sadistisk förvaltare, tar notis, och han, Purcell, och Rauch lura Abraham till den medicinska avdelningen, där han torteras med en Tucker telefon. Brubaker deltar i fängelsemötet, där han upptäcker att många av medlemmarna är upprörda över störningen av deras transplantatsystem via hans reformer och är ointresserade av att investera några pengar för att förbättra fängelset. Brubaker anklagar fängelsestyrelsens chef John Deach för att ha bedragit fängelset genom försäkringar på obefintlig jordbruksutrustning (medan han lämnade fängelsebyggnaderna oförsäkrade) innan han stormade ut ur mötet.
morgonen efter fängelsemötet vaknar Brubaker och upptäcker Abrahams kropp avstängd från vaktens flaggstång. Under utgrävningen av området som Abraham avslöjade för honom upptäcker Brubaker flera omärkta gravar som innehåller kroppar av fångar som dog våldsamt. Ord når guvernörens kontor, och Gray, tillsammans med Edwards, en liberal medlem av fängelsestyrelsen, och korrupta Statliga Senator Hite, försök att övertyga Brubaker att sluta gräva gravar med löfte om finansiering för fängelset, försöker övertyga honom att han istället har upptäckt en gammal fattighjon kyrkogård. Brubaker vägrar och fortsätter utgrävningarna. Rauch beklagar grovt Abrahams bekännelse, och Coombes, som känner till Rauchs engagemang i Abrahams död, hotar Rauch, som sedan flyr från fängelset och gömmer sig på en lokal restaurang. Brubaker och flera trustys förföljer honom, och i den resulterande eldstriden dödas Bullen och Rauch. På grund av spill av våld utanför fängelseväggarna, styrelsen avfyrar Brubaker och håller en utfrågning om de uppgrävda kropparna där styrelsen fortsätter att ljuga om deras ursprung. Brubaker går in och kommenterar om att spara skattebetalarnas pengar genom att skjuta fångar snarare än att skicka dem till Wakefield, vilket gör Deach rasande. Brubaker lämnar och Gray följer honom och ber honom att kompromissa, men han vägrar att kompromissa över mord.
Brubaker lämnar fängelset när den nya fängelsedirektören, hardline disciplinarian Rory Poke, adresserar fångarna. Coombes närmar sig Brubaker och säger till honom helt enkelt: ”du hade rätt.”Coombes börjar klappa, och domarna ignorerar Poke och närmar sig staketet och klappar farväl till en tårig Brubaker.
ett pre-credits titelkort läser:
två år efter att Henry Brubaker fick sparken-24 fångar, ledda av Richard ”Dickie” Coombes, väckte talan mot Wakefield-fängelset. Domstolen beslutade att behandlingen av fångar i Wakefield var författningsstridig och beordrade att fängelset skulle reformeras eller stängas.Guvernören omvaldes inte.