1 Introduktion
även om medlemmar av Ascomycota phylum, särskilt Sacchromyces cerevisiae, är de mest studerade svamparna, finns det 80 000 kända arter av Svampriket. Det finns en stor mångfald i riket, allt från små ofarliga encelliga jäst som S. cerevisiae till den stora växtpatogenen Armillaria ostoyae, en av de största organismerna i världen. Denna senare Art är medlem i Basidiomycota phylum, en phylum mindre väl förstådd än Ascomycota.
medan inga basidiomycete-arter har studerats i så mycket detalj som S. cerevisiae, är det en fascinerande och mångfaldig grupp av organismer. Basidiomycetes producerar många intressanta sekundära metaboliter som används inom medicin, industri och forskning. Medlemmar av phylum står för cirka 10% (40 arter) av kända humana svamppatogener (Morrow and Fraser, 2009). Med början av AIDS-epidemin har en basidiomycete i synnerhet, Cryptococcus neoformans, stigit från en lite känd patogen till en av de bästa svampdödarna hos immunkomprometterade patienter.
C. neoformans finns främst som en haploidjäst och är allmänt närvarande i miljön över hela världen, inklusive i aviär excreta, jord och trädbark. Studier har visat att människor kommer i frekvent kontakt med C. neoformans: individer utan historia av kryptokockos har antikroppar mot jäst (Chen et al., 1999), och de flesta barn verkar ha blivit utsatta vid fem års ålder (Goldman et al., 2001). Detta tyder på att majoriteten av individer möter C. neoformans i miljön, troligen genom inandning i lungorna. Immunkompetenta individer kan vanligtvis kontrollera och innehålla infektionen, vilket ofta leder till ett asymptomatiskt latent infektionstillstånd. Om patientens immunsystem äventyras vid ett senare tillfälle kan den latenta infektionen återaktiveras. När det gäller den immunkomprometterade individen kan lunginfektion leda till lunginflammation följt av spridning via blodomloppet till andra organ. C. neoformans är en av endast ett fåtal svamparter som är kända för att korsa blod–hjärnbarriären och infektera hjärnan (Kim, 2006), vilket leder till hjärnhinneinflammation som är dödlig om den lämnas obehandlad. När AIDS-epidemin började på 1980-talet var det en samtidig ökning av kryptokocksfall över hela världen. Under de senaste åren har den ökade användningen av antiretroviral terapi och antimykotika minskat den totala förekomsten av dödlig kryptokock meningit. Men i områden där tillgången till behandling är begränsad, är C. neoformans fortfarande ett viktigt problem i vården av immunkompromitterade, inklusive AIDS, cancer och organtransplanterade patienter. Dessutom ger de senaste utbrotten av kryptokockos hos immunkompetenta individer i Stillahavsområdet Nordvästra oro över risken för kryptokockinfektion även hos annars friska individer (Bartlett et al., 2008; Hoang et al., 2004).
som en haploid jästcell är C. neoformans mottaglig för många av de omfattande protokoll som har utvecklats för S. cerevisiae, kräver i de flesta fall bara några justeringar. Men efter att ha avvikit från ascomycete-linjen för cirka 400 miljoner år sedan (mya) (Taylor och Berbee, 2006) finns det betydande skillnader i dess cellulära maskiner och livscykel (se nedan). Jämförande genomik lovar att ge rik information om utvecklingen av delade och divergerade gener, proteiner och vägar, samt erbjuda insikt i skillnaderna mellan arter som tillåter en jäst att existera som en godartad saprofyt och en annan för att orsaka dödlig infektion hos en däggdjursvärd.