den aktiva formen DnaA är bunden till ATP. Omedelbart efter att en cell har delats är nivån av aktiv DnaA i cellen låg. Även om den aktiva formen av DnaA kräver ATP, kräver bildandet av oriC/DnaA-komplexet och efterföljande DNA-avveckling inte ATP-hydrolys.
oriC-platsen i E. coli har tre AT-rika 13-basparregioner(avgifter) följt av fyra 9 bp-regioner med sekvensen TTAT(C eller A)CA (C eller A)A. omkring 10 DnaA-molekyler binder till 9 bp-regionerna, som lindas runt proteinerna och orsakar DNA i den AT-rika regionen att varva ner. Det finns 8 DnaA-bindningsställen inom oriC, till vilka DnaA binder med differentiell affinitet. När DNA-replikation är på väg att påbörjas, upptar DnaA alla bindningsställen med hög och låg affinitet. Den denaturerade AT-rika regionen möjliggör rekrytering av DnaB (helicase), som komplex med DnaC (helicase loader). DnaC hjälper helikaset att binda till och att ordentligt rymma ssDNA vid 13 bp-regionen; detta åstadkommes genom ATP-hydrolys, varefter DnaC frigörs. Enkelsträngade bindande proteiner (SSB) stabiliserar de enskilda DNA-strängarna för att upprätthålla replikationsbubblan. DnaB är en 5′ 3 ’ – helikas, så den färdas på den släpande strängen. Det associerar med DnaG (ett primas) för att bilda den enda primern för den ledande strängen och att lägga till RNA-primrar på den släpande strängen. Samspelet mellan DnaG och DnaB är nödvändigt för att kontrollera longituden av Okazaki-fragment på den släpande strängen. DNA-polymeras III kan sedan starta DNA-replikation.
DnaA består av fyra domäner: den första är N-terminalen som associerar med regulatoriska proteiner, den andra är en spiralformad länkregion, den tredje domänen är en AAA+-region som binder till ATP och den fjärde domänen är den C-terminala DNA-bindningsregionen. DnaA innehåller två konserverade regioner: den första ligger i den centrala delen av proteinet och motsvarar den ATP-bindande domänen, den andra ligger i den C-terminala halvan och är involverad i DNA-bindning.