”A Milhouse Divided” är det enda avsnittet som Steve Tompkins har ensam skrivkredit för, även om han hade varit en del av skrivpersonalen i flera år. Författarna ville göra ett avsnitt som innebar att ett par skilde sig. Van Houtens valdes eftersom författarna ansåg att de var det mest utvecklade paret bredvid Marge och Homer och Lovejoys. Scenen i avsnittet ”Sideshow Bob’ s Last Gleaming” där Milhouse är i en jet som låtsas avfyra missiler mot sina föräldrar är där de fick tanken att få sina föräldrars äktenskap att vara i trubbel.
ursprungligen fokuserade avsnittet också på skilsmässans effekter på Milhouse och det fanns en delplott som innebar att Bart var avundsjuk på Milhouse och önskade att Marge och Homer också skulle separera. Flera scener skrevs och animerades för avsnittet, men i slutändan klipptes de eftersom manuset var väldigt långt. En liknande ide skulle fortsätta att användas som en plotpunkt i säsong 17 avsnitt ”Milhouse of Sand and Fog”. Den tredje akten i avsnittet flyttar fokus från Van Houtens till Homer och Marge eftersom författarna ansåg att tertiära karaktärer inte kunde bära publikens intresse för ett helt avsnitt. Bill Oakley har sagt att han kände episoden skulle ha misslyckats hade de fastnat med Van Houtens för tredje akten och de flesta av de andra författarna ansåg också att det var rätt drag.
tanken på middagsfesten kom från Oakley, som hade velat ha en fest som liknar den i ”The War of The Simpsons”. Under andra halvan av avsnittet designades Luann om för att se mer ungdomlig ut och fick en ny outfit. Ett stort namn sångare ursprungligen försökt att sjunga ” kan jag låna en känsla?”över slutkrediterna. Författarna ville ha Sheryl Crow, men hon avböjde och konceptet tappades senare.