den 1 januari 1918 träffades 12 studenter från fyra stater med Nora Chambers i ett övervåningsrum i Church of God Publishing House i Cleveland, Tennessee. Detta första klassmöte i Church of God ’ s Bible Training School (BTS) ledde till grundandet av Lee University. Ursprungligen fungerade Chambers som den enda fakultetsmedlemmen, och dussin studenter utgjorde hela studentkåren. De två första kandidaterna fick sina examensbevis i April 1919 och ett korrespondensprogram inleddes i September 1919, vilket ökade skolans totala inskrivning till 788 studenter. Under de följande decennierna utvidgade BTS sin fakultet och läroplan och flyttade till ett campus i Sevierville 1938.
1947 flyttade BTS tillbaka till Cleveland, ockuperade ett nyligen köpt större campus och fick namnet Lee College för att hedra Flavius J. Lee, en tidig ledare i valören och skolans andra president. Högskolan utvidgade sin tonvikt till att omfatta både bibliska studier och traditionell liberal konst i en fyraårig läroplan. 1959 ackrediterades Lees Bible College av Ackrediteringsföreningen för bibelskolor, och 1960 ackrediterades en junior college av Southern Association of Colleges and Schools (SACS). 1969 beviljade SACS Lee Full ackreditering som en fyraårig liberal arts college. Från 1970-talet till början av 1990-talet upplevde Lee en enorm tillväxt och ökade sin inskrivning till mer än 2600 studenter, vilket gjorde den till en av de största och snabbast växande privata högskolorna i Tennessee. På 1990-talet lade högskolan sitt första examensprogram, en mästare i kyrkomusik, till sina tjugoåtta grundutbildningar. 1996 studenter från fyrtiosex stater och tjugosju främmande länder deltog i lektioner på sextio tunnland campus i centrala Cleveland.
1996 beslutade Lee College-styrelsen att ändra skolan dramatiskt genom att lansera en plan för institutionen som krävde omorganisation och beteckning som Lee University. Den 1 augusti 1997 var Lee University formellt på plats; det inkluderade fyra akademiska enheter: A College of Liberal Arts and Sciences, A School of Music, A School of Ministryoch A College of Education. Styrelsen lämnade opåverkade uppdrag, institutionella mål, politik, och förfaranden drift av institutionen. Således fortsätter Lee Universitys starka band till sin förälderbeteckning och sitt engagemang för att tillhandahålla en högkvalitativ, prisvärd utbildning i ett kristet sammanhang att styra institutionens prioriteringar. Lee University har varit coeducational sedan grundandet och, i enlighet med sin Pingst arv, Driver Pingst Research Center, som har de mest omfattande samlingar som finns på Pingstalism. Fast besluten att behålla sin bredare kristna identitet, Lee University identifierar sig som ”ett Campus där Kristus är kung.”