borgerkrigen delte Tennessee ligesom den gjorde nationen.
da staten først stemte om løsrivelse i Februar 1861, afviste Tennesseeans at forlade Unionen. En anden afstemning blev afholdt i juni 1861 efter affyringen på Fort Sumter og Lincolns opfordring til Tennessee for soldater; 105.000 stemte for at forlade Unionen til 47.000 imod. Vest-Tennesseans, hvis plantageøkonomi var afhængig af slavernes arbejde, støttede løsrivelse, før de amerikanske styrker fyrede på Fort Sumpter i 1861. East Tennesseans, der ejede langt færre slaver, modsatte sig løsrivelse to-til-en. Middle Tennesseans blev delt mellem erklærede secessionists og mere ambivalente unionister. Selvom staten i sidste ende stemte for at forlade Unionen (og det var den sidste stat, der gjorde det), forblev East Tennessee et højborg for Unionistisk stemning gennem hele krigen, og mange af de 31.000 Tennesseans, der tjente i den amerikanske hær, kom fra East Tennessee.
under borgerkrigen var Tennessees floder og skinner kritiske arterier i det dybe syd, og både De Forenede Stater og de konfødererede styrker kæmpede hårdt for at kontrollere dem i større slag som Fort Donelson, Shiloh, Stones River, Chattanooga, Franklin og Nashville. I midten af 1862 besatte Unionshæren meget af det midterste og vestlige Tennessee, mens de konfødererede holdt fast i det meste af det østlige Tennessee. Konfødererede uregelmæssige styrker lancerede gentagne guerillakampagner mod de besættende amerikanske styrker og holdt det vestlige teater for borgerkrigen aktiv under hele konflikten. På samme måde iscenesatte amerikanske uregelmæssigheder angreb og angreb i det østlige Tennessee. Almindelige Tennesseans stod over for enorme vanskeligheder under krigen og mistede deres ejendom, stabilitet og liv. Slaver Tennesseans flygtede over de føderale linjer og søgte kun frihed for at blive tilbageholdt i smuglerlejre; blandt disse påtog raske afroamerikanske mænd sig de farligste og mindst ønskelige krigsførelsesopgaver som en del af de amerikanske farvede tropper (U. S. C. T.).
efter afslutningen af borgerkrigen i 1865 blev Tennessee den første løsrivelsesstat, der sluttede sig til USA igen, hvilket markerede begyndelsen på genopbygningen og en århundredelang indsats for at forestille sig et samfund, hvor mennesker i alle farver nød de fulde rettigheder til statsborgerskab.
Fotografi mærket smugleri, en slaver mand, der undslap over føderale linjer under borgerkrigen.
Allen C1891 print af Slaget ved Nashville. Bemærk USCT synlig i baggrunden.