i 1969 ankommer Henry Brubaker til statens fængsel i Arkansas forklædt som en indsat. Han er straks vidne til voldsomt misbrug og korruption, herunder åbent og endemisk seksuelt overgreb, tortur, orm-redet syg mad, svig, og voldsomt transplantat. Under en dramatisk standoff, der involverede en forvirret fange, der blev holdt i isolation, afslører Brubaker sig for at være den nye fængselsinspektør til både fangeres og embedsmænds forbløffelse.
Brubaker forsøger at reformere fængslet med et øje mod rehabilitering af fanger og menneskerettigheder og kolliderer ofte med korrupte embedsmænd i statens fængselsbestyrelse, der har draget fordel af graft i årtier. Han rekrutterer flere mangeårige fanger, herunder trustys Larry Lee Bullen, Richard” Dickie ” Coombesog tidligere fængselsassistent Purcell (som i hemmelighed forbliver loyal over for de skrupelløse trustys) for at hjælpe ham med reformen. Lillian Gray, en PR-specialist for guvernørens kontor, forsøger også at påvirke Brubaker til at reformere fængslet på en måde, der vil kaste guvernøren i et positivt lys.
for at forbedre fængslet fyrer Brubaker sin skæve bogholder, der opbyggede et lager af ulovlig mad tilsyneladende til indsatte, men faktisk solgt for at generere fortjeneste, kaster den tidligere fængselslæge ud af anlægget, når han lærer, at indsatte blev tiltalt for medicinsk behandling, og brænder en ulovlig fornøjelseshytte ned på fængselsgrunde, hvor indflydelsesrige trofaste Huey Rauch og hans kæreste Carol boede. Efter en defekt taghule i fængselsbarakken mødes Brubaker med C. P. skov, en tømmersælger og mangeårig deltager i fængselsgraftordningen. Brubaker beskylder ham for at bruge fanger som slavearbejde og med vilje indkassere kontraktpenge, mens han med vilje bygger et sjusket, uforsikret tag, og opsiger hans kontrakt. Han fører også tilsyn med dannelsen af et indsatsråd, der giver de indsatte mulighed for at styre sig selv. Under det første møde i indsatsrådet trækker Abraham Cook, en ældre sort indsat, der stadig er fængslet tre år efter afslutningen af sin dom, Brubaker til side og indrømmer, at han blev instrueret om at konstruere kister til myrdede fanger. Han, Purcell og Rauch lokker Abraham til lægeafdelingen, hvor han bliver tortureret med en Tucker-telefon. Brubaker deltager i fængselsbestyrelsesmødet, hvor han opdager, at mange af medlemmerne er rasende over forstyrrelsen af deres graftordninger via hans reformer og er uinteresserede i at investere penge for at forbedre fængslet. Brubaker beskylder fængselsbestyrelseschef John deach for at bedrage fængslet gennem forsikringspolicer på ikke-eksisterende landbrugsudstyr (mens de forlader fængselsbygningerne uforsikrede), før de stormede ud af mødet.
morgenen efter fængselsbestyrelsesmødet vågner Brubaker og opdager Abrahams lig suspenderet fra vagtens bopæl flagstang. Under udgravningen af det område, Abraham afslørede for ham, opdager Brubaker flere umærkede grave, der indeholder lig af fanger, der døde voldsomt. Han forsøger at overbevise Brubaker om at stoppe med at Udgrave Grave med løftet om finansiering til fængslet og forsøge at overbevise ham om, at han i stedet har opdaget en gammel paupers kirkegård. Brubaker nægter og fortsætter udgravningerne. Rauch beklager uhøfligt Abrahams tilståelse, og Coombes, der kender Rauchs involvering i Abrahams Død, truer Rauch, som derefter undslipper fængslet og gemmer sig på en lokal restaurant. Brubaker og flere trusters forfølger ham, og i den resulterende skudkamp bliver Bullen og Rauch dræbt. På grund af spild af vold uden for fængselsvæggene fyrer bestyrelsen Brubaker og holder en høring om de opgravede kroppe, hvor bestyrelsen fortsætter med at lyve om deres oprindelse. Brubaker går ind og kommenterer om at spare skatteydernes penge ved at skyde fanger i stedet for at sende dem til Deach, hvilket gør Deach rasende. Brubaker forlader, og Gray følger ham og beder ham om at gå på kompromis, men han nægter at gå på kompromis over mord.
Brubaker forlader fængslet, da den nye fængselsinspektør, hardline disciplinarian Rory Poke, henvender sig til fangerne. Coombes nærmer sig Brubaker og fortæller ham simpelthen, “du havde ret.”Coombes begynder at klappe, og fangerne ignorerer Poke og nærmer sig hegnet og klapper farvel til en tårevåt Brubaker.
en pre-credits titel kort læser:
to år efter Henry Brubaker blev fyret-24 indsatte, ledet af Richard “Dickie” Coombes, anlagt sag mod fængslet. Retten besluttede, at behandlingen af fanger i Rom var forfatningsstridig og beordrede, at fængslet skulle reformeres eller lukkes.Guvernøren blev ikke genvalgt.