1 Introduktion
selvom medlemmer af Ascomycota phylum, især Sacchromyces cerevisiae, er de mest studerede svampe, er der 80.000 kendte arter af Svamperiget. Der er stor mangfoldighed i Kongeriget, lige fra lille harmløs encellet gær som S. cerevisiae til den store plantepatogen Armillaria ostoyae, en af de største organismer i verden. Denne sidstnævnte art er medlem af Basidiomycota phylum, en phylum mindre godt forstået end Ascomycota.
mens ingen basidiomycete-arter er blevet undersøgt så detaljeret som S. cerevisiae, er det en fascinerende og forskelligartet gruppe af organismer. Basidiomycetes producerer mange interessante sekundære metabolitter, der anvendes i medicin, industri og forskning. 10% (40 arter) af kendte humane svampepatogener (morgen og Fraser, 2009). Med begyndelsen af AIDS-epidemien er især en basidiomycete, Cryptococcus neoformans, steget fra et lidt kendt patogen til en af de bedste svampedræbere hos immunkompromitterede patienter.
C. neoformans findes primært som en haploid gær og er bredt til stede i miljøet over hele verden, herunder i fugleudskillelse, jord og træbark. Undersøgelser har vist, at mennesker kommer i hyppig kontakt med C. neoformans: personer uden historie med kryptokokose besidder antistoffer mod gæren (Chen et al., 1999), og de fleste børn ser ud til at have været udsat i en alder af fem (Goldman et al., 2001). Dette tyder på, at størstedelen af individer støder på C. neoformans i miljøet, sandsynligvis gennem indånding i lungerne. Immunkompetente individer er normalt i stand til at kontrollere og indeholde infektionen, hvilket ofte fører til en asymptomatisk latent infektionstilstand. Hvis patientens immunsystem bliver kompromitteret på et senere tidspunkt, kan den latente infektion genaktiveres. I tilfælde af det immunkompromitterede individ kan lungeinfektion føre til lungebetændelse efterfulgt af formidling via blodbanen til andre organer. C. neoformans er en af kun få svampearter, der vides at krydse blod–hjerne-barrieren og inficere hjernen (Kim, 2006), hvilket fører til meningitis, der er dødelig, hvis den ikke behandles. Da AIDS-epidemien begyndte i 1980 ‘ erne, var der en samtidig stigning i cryptococcosis-tilfælde over hele verden. I de senere år har den øgede anvendelse af antiretroviral terapi og antifungale midler reduceret den samlede forekomst af dødelig kryptokokmeningitis. Men i områder, hvor adgangen til behandling er begrænset, er C. neoformans fortsat en vigtig bekymring i plejen af de immunkompromitterede, herunder AIDS, kræft og organtransplantationspatienter. Derudover rejser nylige udbrud af kryptokokose hos immunkompetente individer i det nordvestlige Stillehav bekymring over risikoen for kryptokokinfektion, selv hos ellers sunde individer (Bartlett et al., 2008; Hoang et al., 2004).
som en haploid gærcelle er C. neoformans modtagelig for mange af de omfattende protokoller, der er udviklet til S. cerevisiae, der i de fleste tilfælde kun kræver nogle få justeringer. Efter at have divergeret fra ascomycete-slægten for omkring 400 millioner år siden (mya) (Taylor og Berbee, 2006), er der imidlertid betydelige forskelle i dets cellulære maskiner og livscyklus (se nedenfor). Sammenlignende genomik lover at give rig information om udviklingen af delte og divergerede gener, proteiner, og veje, samt tilbyde indsigt i forskellene mellem arter, der tillader en gær at eksistere som en godartet saprofyt og en anden til at forårsage dødelig infektion i en pattedyrs vært.