Dieser Unterabschnitt des Funktionsabschnitts gibt die Position (en) und den Typ (die Typen) von Zinkfingern innerhalb des Proteins an.
Ein Zinkfinger ist eine kleine, funktionelle, unabhängig gefaltete Domäne, die ein oder mehrere Zinkionen koordiniert, um ihre Struktur durch Cystein- und / oder Histidinreste zu stabilisieren. Zinkfinger sind strukturell vielfältig und weisen eine breite Palette von Funktionen auf, von DNA- oder RNA-Bindung bis hin zu Protein-Protein-Interaktionen und Membranassoziation.
Arten von Zinkfingern
In UniProtKB sind mehr als 40 Arten von Zinkfingern annotiert. Die häufigsten sind der C2H2-Typ, der CCHC-Typ, der PHD-Typ und der RING-Typ.
Beispiele: Q7Z142, P55197, Q9P2R3, Q9P2G1, Q9P2S6, Q8IUH5, P19811, Q92793, P36406, O95081, Q9ULV3
Annotation von Zinkfingern, die mit InterPro-Ressourcen vorhergesagt wurden
Wir kommentieren eine Vielzahl von Zinkfingern, die durch die InterPro-Ressourcen PROSITE, Pfam und SMART. Die Anzahl und Art der vorhergesagten Zinkfinger wird im Unterabschnitt ‚Sequenzähnlichkeiten‘ des Abschnitts ‚Familie und Domänen‘ angegeben.
Beispiel: P75093
a) Zinkfinger vom Typ C2H2
Zinkfingerproteine vom Typ C2H2 gehören zu den am häufigsten vorkommenden Proteinen im Genom des Homo sapiens. Die meisten Zinkfingerproteine vom C2H2-Typ sind Transkriptionsaktivatoren oder Repressoren, die DNA binden. Zinkfinger vom Typ C2H2 werden häufig in mehreren Kopien im selben Protein gefunden, wobei einzelne Kopien nummeriert sind. Die Nummerierung von Zinkfingern ist optional, wenn das Protein ein Fragment am N-Terminus ist und keine vollständige orthologe Sequenz verfügbar ist, aus der auf die genaue Nummerierung geschlossen werden kann.
Wir kommentieren Zinkfinger vom Typ C2H2, die mit Pfam, SMART oder dem PROSITE-Profil PS50157 und dem PROSITE-Muster PS00028 nachgewiesen werden können:
C-x(2,4)-C-x(3)--x(8)-H-x(3,5)-H
Das Profil erstreckt sich von den 2 Resten vor dem ersten Cystein (dieses beginnt im Allgemeinen mit einem aromatischen Rest) bis zum zweiten Histidin. Der zugewiesene Bereich entspricht normalerweise dem des Profils.
Beispiel: P08045
Zinkfinger vom C2H2-Typ sind häufig mit den folgenden Domänen assoziiert: KRAB (Transkriptionsrepression), SCAN Box oder LeR (Oligomerisierung – immer vor KRAB, wenn KRAB im Protein vorhanden ist), BTB / POZ (Homodimerisierung – nie in Kombination mit SCAN oder KRAB gefunden), SET (Methylierung) und Homeobox (DNA-Bindung). Mit Ausnahme der Homöobox-Domäne befinden sich diese anderen Domänen fast immer im N-terminalen Abschnitt des Proteins vor dem Zinkfinger.
b) Atypische und degenerierte Zinkfinger
Atypische Zinkfinger sind solche, die von einem Konsensprofil oder -muster abweichen, aber dennoch die Fähigkeit behalten, Zink zu binden. Dies können Zinkfinger sein, bei denen Cystein durch Histidin ersetzt ist oder bei denen der Abstand zwischen Cystein- oder Histidinresten auf eine der folgenden Arten geringfügig verändert ist:
C-x(5)-C instead of C-x(2,4)-C; C-x(10,14)-H instead of C-x(12)-H; H-x(2)-H or H-x(6)-H instead of H-x(3,5)-H.
Beispiel: P47043
Entartete Zinkfinger sind solche, die von einem Konsensusprofil oder -muster abweichen und die auch die Fähigkeit verloren haben, Zink zu binden. Dies können Zinkfinger sein, bei denen Cystein durch andere Aminosäuren als Histidin ersetzt ist oder bei denen der Abstand zwischen Cystein- oder Histidinresten außerhalb des Bereichs normaler oder atypischer Zinkfinger oder abgestumpfter Zinkfinger liegt.
Beispiele: Q80ZQ5, Q19203, Q15911
Anmerkung von Zinkfingern, die in InterPro nicht dargestellt sind
Viele Zinkfinger können nicht durch ein bestimmtes Familienprofil oder Muster beschrieben werden, da nur die Aminosäuren konserviert sind, die das Zinkion koordinieren. Daher ist die Anzahl und Art solcher Zinkfinger NICHT im Unterabschnitt ‚Sequenzähnlichkeiten‘ des Abschnitts ‚Familie und Domänen‘ angegeben.
Solche Zinkfinger werden im Allgemeinen nach dem Muster von Cystein- oder Histidinresten benannt, die das Zinkion koordinieren: C4-Typ, C5-Typ, C2H3-Typ und so weiter.
Zinkfinger vom Typ C4
Zinkfinger vom Typ C4 zeichnen sich durch 4 Cysteinreste aus, die Zink koordinieren und keine weitere Sequenzähnlichkeit aufweisen – beispielsweise sind die Abstände zwischen den Cysteinresten nicht erhalten. Zinkfinger vom Typ C4 befinden sich in den DNA-bindenden Regionen einiger gut charakterisierter Familien von Kernrezeptoren.
Beispiel: P10827
In Archaeen und Bakterien finden sich Zinkfinger vom C4-Typ in einer begrenzten Anzahl von Proteinen, einschließlich einiger konservierter Proteinfamilien. Dazu gehören die UVRA-Unterfamilie der ABC-Transporter (MF_00205-Familie), die clpX-Chaperonfamilie (MF_00175-Familie) und die recR-Familie (MF_00017-Familie). Wir kommentieren diese hochkonservierten C4-Zinkfinger, aber diejenigen, die nicht in anderen Proteinen gefunden werden, es sei denn, es gibt einige gute Beweise.
Beispiele: Q8UF86, P0A6H1, P24277
Verwandte Stichwörter:
Metallbindung,
Zink,
Zinkfinger.
Siehe auch:
DNA-Bindung
Domäne
Motiv
Region
Wiederholung