a funkció szakasz ezen alszakasza határozza meg a cinkujjak helyzetét és típusát a fehérjén belül.
a cinkujj egy kicsi, funkcionális, egymástól függetlenül hajtogatott domén, amely egy vagy több cinkiont koordinál, hogy cisztein és/vagy hisztidin maradványokon keresztül stabilizálja szerkezetét. A cink ujjak szerkezetileg változatosak, és sokféle funkciót mutatnak, a DNS – vagy RNS-kötődéstől a fehérje-fehérje kölcsönhatásokig és a membrán asszociációig.
a cink ujj típusai
az UniProtKB-ban több mint 40 típusú cink ujj található. A leggyakoribb a C2H2-típusú, a CCHC-típusú, a PHD-típusú és a gyűrű-típusú.
példák: Q7Z142, P55197, Q9P2R3, Q9P2G1, Q9P2S6, Q8IUH5, P19811, Q92793, P36406, O95081, Q9ULV3
az InterPro erőforrások felhasználásával előrejelzett cink ujjak Jegyzetelése
a meghatározott cink ujjak különféle jegyzeteit jegyezzük fel az interpro források prosite, PFAM és Smart. Az előre jelzett cinkujjak számát és típusát a ‘család és tartományok’ szakasz ‘szekvencia hasonlóságok’ alszakasza határozza meg.
példa: P75093
a) C2H2 típusú cink ujjak
a C2H2 típusú cink ujjfehérjék a Homo sapiens genomjában a leggyakrabban előforduló fehérjék közé tartoznak. A legtöbb C2H2 típusú cinkujjfehérje transzkripciós aktivátor vagy represszor, amely megköti a DNS-t. A C2H2 típusú cink ujjak gyakran több példányban találhatók ugyanabban a fehérjében, ebben az esetben az egyes másolatok számozottak. A cinkujjak számozása opcionális, ha a fehérje az N-terminális fragmentuma, és nem áll rendelkezésre teljes ortológ szekvencia, amelyből a pontos számozás levezethető.
feljegyezzük a C2H2 típusú cink ujjakat, amelyek kimutathatók a PFAM, a SMART vagy a PS50157 PROSITE profil és a PS00028 PROSITE minta segítségével:
C-x(2,4)-C-x(3)--x(8)-H-x(3,5)-H
a profil az első ciszteint megelőző 2 maradéktól (ez általában aromás maradékkal kezdődik) a második hisztidinig terjed. A hozzárendelt tartomány általában a profil tartománya.
példa: P08045
a C2H2 típusú cink ujjak gyakran kapcsolódnak a következő doménekhez: KRAB (transzkripciós elnyomás), SCAN box vagy LeR (oligomerizáció – mindig a KRAB előtt, ha KRAB jelen van a fehérjében), BTB/POZ (homodimerizáció – soha nem található SCAN vagy KRAB kombinációban), SET (metiláció) és Homeobox (DNS-kötés). A Homeobox domén kivételével ezek a többi domén szinte mindig megtalálható a fehérje N-terminális szakaszában a cinkujj előtt.
b) az atipikus és degenerált cink ujjak
az atipikus cink ujjak azok, amelyek eltérnek a konszenzusos profiltól vagy mintától, de mégis megtartják a cink megkötésének képességét. Ide tartozhatnak a cinkujjak, amelyekben a ciszteint hisztidin helyettesíti, vagy ahol a cisztein vagy hisztidin maradványok közötti távolság kissé megváltozik az alábbi módszerek egyikével:
C-x(5)-C instead of C-x(2,4)-C; C-x(10,14)-H instead of C-x(12)-H; H-x(2)-H or H-x(6)-H instead of H-x(3,5)-H.
példa: P47043
degenerált cinkujjak azok, amelyek eltérnek a konszenzusos profiltól vagy mintától, és amelyek szintén elvesztették a cinkkötés képességét. Ide tartozhatnak a cinkujjak, amelyekben a ciszteint a hisztidintől eltérő aminosavak helyettesítik, vagy ahol a cisztein vagy hisztidin maradványok közötti távolság kívül esik a normál vagy atipikus cinkujjak, vagy csonka cinkujjak tartományán.
példák: Q80ZQ5, Q19203, Q15911
az InterPro-ban nem ábrázolt cink ujjak Annotációja
sok cink ujj nem írható le konkrét családprofillal vagy mintával, mivel csak a cink-iont koordináló aminosavak konzerválódnak. Ezért az ilyen cinkujjak számát és típusát nem határozza meg a család és tartományok szakasz ‘szekvencia hasonlóságok’ alszakasza.
az ilyen cink ujjakat általában a cisztein vagy hisztidin maradékok mintázatának nevezik, amelyek koordinálják a cink-iont: C4-típusú, C5-típusú, C2H3-típusú stb.
C4 típusú cink ujjak
a C4 típusú cink ujjakat 4 cisztein maradék jellemzi, amelyek koordinálják a cinket, és nem mutatnak további szekvenciahasonlóságot-például a cisztein maradványok közötti távolságok nem konzerválódnak. A C4 típusú cink ujjak néhány jól jellemzett nukleáris receptor család DNS-kötő régiójában találhatók.
példa: P10827
archeákban és baktériumokban a C4 típusú cinkujjak korlátozott számú fehérjében találhatók, beleértve néhány konzervált fehérjecsaládot is. Ezek közé tartozik az ABC transzporterek UvrA alcsaládja (MF_00205 család), a clpX chaperone család (MF_00175 család) és a recR család (mf_00017 család). Feljegyezzük ezeket a nagyon konzervált C4 típusú cink ujjakat, de azokat, amelyek más fehérjékben nem találhatók meg, hacsak nincs jó bizonyíték.
példák: Q8UF86, P0A6H1, P24277
kapcsolódó kulcsszavak:
fémkötés,
cink,
cink ujj.
Lásd még:
DNS kötés
tartomány
motívum
Régió
ismétlés