den aktive form DnaA er bundet til ATP. Umiddelbart efter at en celle er delt, er niveauet af aktiv DnaA i cellen lavt. Selvom den aktive form af DnaA kræver ATP, kræver dannelsen af oriC/DnaA-komplekset og efterfølgende DNA-afvikling ikke ATP-hydrolyse.
oriC-stedet i E. coli har tre ved rige 13 baseparregioner (afgifter) efterfulgt af fire 9 bp-regioner med sekvensen TTAT(C eller A)CA(C eller A)A. omkring 10 DnaA-molekyler binder til de 9 bp-regioner, som vikles rundt om proteinerne, hvilket får DNA ‘ et i den at-rige region til at slappe af. Der er 8 DnaA-bindingssteder inden for oriC, hvortil DnaA binder med differentiel affinitet. Når DNA-replikation er ved at begynde, optager DnaA alle bindingsstederne med høj og lav affinitet. Den denaturerede at-rige region giver mulighed for rekruttering af DnaB (helicase), som komplekser med DnaC (helicase loader). DnaC hjælper helikasen med at binde til og korrekt rumme ssDNA i 13 bp-regionen; dette opnås ved ATP-hydrolyse, hvorefter DnaC frigives. Enkeltstrengede bindende proteiner (SSB ‘ er) stabiliserer de enkelte DNA-tråde for at opretholde replikationsboblen. DnaB er en 5’ Kurt 3 ‘ helicase, så den bevæger sig på den tilbagestående strand. Det associeres med DnaG (en primase) for at danne den eneste primer til den førende streng og tilføje RNA-primere på den tilbagestående streng. Interaktionen mellem DnaG og DnaB er nødvendig for at kontrollere længden af okasaki-fragmenter på den tilbagestående streng. DNA-polymerase III er derefter i stand til at starte DNA-replikation.
DnaA består af fire domæner: den første er N-terminalen, der forbinder med regulatoriske proteiner, den anden er en spiralformet linker-region, det tredje domæne er en AAA+ – region, der binder til ATP, og det fjerde domæne er den C-terminale DNA-bindingsregion. DnaA indeholder to konserverede regioner: den første er placeret i den centrale del af proteinet og svarer til det ATP-bindende domæne, det andet er placeret i den C-terminale halvdel og er involveret i DNA-binding.