En 1969, Henry Brubaker llega a la Prisión Estatal de Wakefield en Arkansas disfrazado de recluso. Inmediatamente es testigo de abusos y corrupción desenfrenados, incluyendo agresión sexual abierta y endémica, tortura, comida enferma plagada de gusanos, fraude e injertos desenfrenados. Durante un enfrentamiento dramático que involucra a Walter, un preso trastornado que estaba en confinamiento solitario, Brubaker se revela como el nuevo director de la prisión, para asombro de los prisioneros y los funcionarios por igual.
Brubaker intenta reformar la prisión, con miras a la rehabilitación de los presos y los derechos humanos, chocando con frecuencia con funcionarios corruptos de la junta estatal de prisiones que se han beneficiado de la corrupción durante décadas. Recluta a varios prisioneros de larga data, incluyendo a trustys Larry Lee Bullen, Richard «Dickie» Coombes y el ex empleado del alcaide Purcell (que en secreto permanece leal a los inescrupulosos trustys) para ayudarlo con la reforma. Lillian Gray, especialista en relaciones públicas de la oficina del gobernador, también intenta influir en Brubaker para que reforme la prisión de una manera que arroje al gobernador una luz positiva.
Para mejorar la prisión, Brubaker despide a su contable corrupto, que construyó un alijo de comida ilícita aparentemente para los reclusos, pero en realidad se vende para generar ganancias, arroja al ex médico de la prisión fuera de las instalaciones cuando se entera de que los reclusos estaban siendo acusados de tratamiento médico, y quema una choza de placer ilícito en los terrenos de la prisión donde vivían el influyente y confiable Huey Rauch y su novia Carol. Después de un derrumbe en el techo defectuoso en los barracones de la prisión, Brubaker se reúne con C. P. Woodward, un vendedor de madera y participante desde hace mucho tiempo en el esquema de injertos de la prisión. Acusando a Woodward de usar prisioneros como mano de obra esclava y de embolsarse a propósito el dinero del contrato mientras construía intencionalmente un techo de mala calidad y sin seguro, Brubaker termina el contrato de Woodward. También supervisa la formación de un consejo de reclusos, lo que permite a los reclusos gobernarse a sí mismos. Durante la primera reunión del consejo de reclusos, Abraham Cook, un recluso negro de edad avanzada que sigue encarcelado tres años después del final de su sentencia, aparta a Brubaker y confiesa que se le ordenó construir ataúdes para los prisioneros asesinados. Eddie Caldwell, un administrador sádico, toma nota, y él, Purcell y Rauch atraen a Abraham a la sala médica, donde es torturado con un teléfono Tucker. Brubaker asiste a la reunión de la junta de la prisión, donde descubre que muchos de los miembros están enfurecidos por la interrupción de sus esquemas de soborno a través de sus reformas y no están interesados en invertir dinero para mejorar la prisión. Brubaker acusa al director de la junta de la prisión, John Deach, de defraudar a la prisión a través de pólizas de seguro en equipos agrícolas inexistentes (mientras dejaba los edificios de la prisión sin seguro) antes de salir de la reunión.
La mañana después de la reunión de la junta de la prisión, Brubaker se despierta y descubre el cuerpo de Abraham suspendido del asta de la bandera de la residencia del alcaide. Mientras excavaba el área que Abraham le reveló, Brubaker descubre múltiples tumbas sin marcar que contienen cuerpos de prisioneros que murieron violentamente. La noticia llega a la oficina del gobernador, y Gray, junto con Edwards, un miembro liberal de la junta de prisiones, y el senador estatal corrupto Hite, intentan convencer a Brubaker de que deje de excavar tumbas con la promesa de financiar la prisión, tratando de convencerlo de que en su lugar ha descubierto un cementerio de pobres. Brubaker se niega, y continúa las excavaciones. Rauch lamenta groseramente la confesión de Abraham, y Coombes, sabiendo la participación de Rauch en la muerte de Abraham, amenaza a Rauch, que luego escapa de la prisión y se esconde en un restaurante local. Brubaker y varios trustys lo persiguen, y en el tiroteo resultante, Bullen y Rauch son asesinados. Debido al derrame de violencia fuera de los muros de la prisión, la junta despide a Brubaker y celebra una audiencia sobre los cuerpos exhumados donde la junta continúa mintiendo sobre su origen. Brubaker entra y hace un comentario sobre ahorrar dinero de los contribuyentes disparando a los prisioneros en lugar de enviarlos a Wakefield, lo que enfurece a Deach. Brubaker se va y Gray lo sigue, implorándole que se comprometa, pero se niega a comprometerse por asesinato.
Brubaker sale de la prisión mientras el nuevo alcaide, la disciplinaria de línea dura Rory Poke, se dirige a los prisioneros. Coombes se acerca a Brubaker y le dice simplemente: «Tenías razón.»Coombes comienza a aplaudir, y los convictos ignoran el empuje y se acercan a la valla, aplaudiendo una despedida a un lloroso Brubaker.
Una tarjeta de título de pre-créditos lee:
Dos años después de que Henry Brubaker fuera despedido, 24 reclusos, encabezados por Richard «Dickie» Coombes, presentaron una demanda contra la prisión de Wakefield. El Tribunal dictaminó que el tratamiento de los prisioneros en Wakefield era inconstitucional y ordenó que la prisión fuera reformada o cerrada.El gobernador no fue reelegido.