La forma activa dnaA está ligada al ATP. Inmediatamente después de que una célula se ha dividido, el nivel de dnaA activo dentro de la célula es bajo. Aunque la forma activa de dnaA requiere ATP, la formación del complejo ORICO/dnaA y el posterior desenrollado del ADN no requiere hidrólisis de ATP.
El sitio orico en E. coli tiene tres regiones ricas en 13 pares de bases (CUOTAS) seguidas de cuatro regiones de 9 pb con la secuencia TTAT(C o A)CA (C o A)A. Alrededor de 10 moléculas de dnaA se unen a las regiones de 9 pb, que envuelven alrededor de las proteínas causando que el ADN en la región rica se desenrolle. Hay 8 sitios de unión al dnaA dentro del oriC, a los que el dnaA se une con afinidad diferencial. Cuando la replicación del ADN está a punto de comenzar, el dnaA ocupa todos los sitios de unión de alta y baja afinidad. La región rica desnaturalizada permite el reclutamiento de DnaB (helicasa), que se complica con DnaC (cargador de helicasa). El DnaC ayuda a la helicasa a unirse y acomodarse adecuadamente al ADNss en la región de 13 pb; esto se logra mediante hidrólisis de ATP, después de lo cual se libera DnaC. Las proteínas de unión de una sola hebra (SSB) estabilizan las hebras individuales de ADN para mantener la burbuja de replicación. El DnaB es una helicasa de 5’→3′, por lo que viaja en la hebra rezagada. Se asocia con DnaG (una primasa) para formar la única imprimación para la hebra principal y para agregar imprimaciones de ARN en la hebra rezagada. La interacción entre DnaG y DnaB es necesaria para controlar la longitud de los fragmentos de Okazaki en la hebra rezagada. La polimerasa de ADN III es entonces capaz de iniciar la replicación del ADN.
DnaA se compone de cuatro dominios: el primero es el N-terminal que se asocia con proteínas reguladoras, el segundo es una región de enlace helicoidal, el tercer dominio es una región AAA+ que se une al ATP, y el cuarto dominio es la región de unión al ADN C-terminal. El dnaA contiene dos regiones conservadas: la primera se encuentra en la parte central de la proteína y corresponde al dominio de unión a ATP, la segunda se encuentra en la mitad C-terminal y está involucrada en la unión al ADN.