La Guerra Civil dividió Tennessee al igual que la nación.
Cuando el estado votó por primera vez sobre la secesión en febrero de 1861, los habitantes de Tennessee rechazaron abandonar la Unión. Una segunda votación se llevó a cabo en junio de 1861, después de los disparos en Fort Sumter y el llamado de Lincoln a Tennessee por soldados; 105.000 votaron a favor de abandonar la Unión y 47.000 en contra. West Tennesseans, cuya economía de plantación dependía del trabajo de los esclavos, apoyó la secesión antes de que las fuerzas de Estados Unidos dispararan contra Fort Sumpter en 1861. Los habitantes del este de Tennessee, que poseían mucha menos gente esclavizada, se opusieron a la secesión dos a uno. Los habitantes medios de Tennessee estaban divididos entre secesionistas declarados y unionistas más ambivalentes. Aunque el estado finalmente votó a favor de abandonar la unión (y fue el último estado en hacerlo), el Este de Tennessee siguió siendo un bastión del sentimiento unionista durante toda la guerra y muchos de los 31.000 tennesenses que sirvieron en el Ejército de los Estados Unidos vinieron del este de Tennessee.
Durante la Guerra Civil, los ríos y rieles de Tennessee eran arterias críticas hacia el Sur Profundo, y tanto los Estados Unidos como las fuerzas confederadas lucharon duro para controlarlos en batallas importantes como Fort Donelson, Shiloh, Stones River, Chattanooga, Franklin y Nashville. A mediados de 1862, el Ejército de la Unión ocupó gran parte del Centro y Oeste de Tennessee, mientras que los Confederados se aferraron a la mayor parte del este de Tennessee. Las fuerzas irregulares confederadas lanzaron repetidas campañas de guerrilla contra las fuerzas de ocupación estadounidenses, manteniendo activo el teatro occidental de la Guerra Civil durante todo el conflicto. De manera similar, los irregulares estadounidenses realizaron redadas y ataques en el este de Tennessee. Los ciudadanos comunes de Tennessee se enfrentaron a tremendas dificultades durante la guerra, perdiendo sus propiedades, estabilidad y vidas. Los tenesseanos esclavizados huyeron a través de las fronteras federales buscando libertad solo para ser detenidos en campos de contrabando; entre ellos, hombres afroamericanos sanos asumieron las tareas de guerra más peligrosas y menos deseables como parte de las Tropas de Color de los Estados Unidos (U. S. C. T.).
Tras el final de la Guerra Civil en 1865, Tennessee se convirtió en el primer estado de secesión en volver a unirse a los Estados Unidos, marcando el comienzo de la Reconstrucción y un esfuerzo de un siglo para reimaginar una sociedad en la que las personas de todos los colores disfrutaron de todos los derechos de ciudadanía.
Fotografía etiquetada como contrabando, un hombre esclavizado que escapó a través de las líneas federales durante la Guerra Civil.
Kurtz & Impresión Allen c1891 de la Batalla de Nashville. Observe el USCT visible en el fondo.