Líder del movimiento independentista, nació en Valladolid, Michoacán. De 1779 a 1790, trabajó en la finca de caña de azúcar de Tahuejo en Apatzingán, tal vez como empleado o contador. En 1790 ingresó en el Colegio San Nicolás Obispo de Valladolid, donde estudió gramática latina, retórica, filosofía y ética. En 1795, en el Seminario Tridentino de la misma ciudad, estudió teología moral y filosofía. El 28 de abril, Morelos viajó a la Ciudad de México para tomar sus exámenes de licenciatura en artes en la Universidad Real y Pontificia. El 13 de diciembre recibió la primera esquila y las cuatro órdenes menores de Valladolid y seis días después se convirtió en subdiácono. A principios de 1796, se trasladó a Uruapan como sacerdote auxiliar y dirigió la enseñanza de gramática y retórica. En septiembre de ese año fue ordenado diácono en Valladolid, y el 21 de diciembre de 1779 fue ordenado sacerdote en la misma ciudad.
A principios de octubre de 1810, Morelos escuchó la noticia del levantamiento de Hidalgo y el diecinueve de ese mes se fue a buscarlo. Se encontró con Hidalgo al día siguiente y habló con él en Charo e Indaparapeo. Morelos fue puesto a cargo de levantar armas en la costa sur. El 13 de noviembre, Morelos y sus tropas se enfrentaron al enemigo por primera vez, enfrentándose a las fuerzas realistas de Luis Calatayud en El Veladero. El 17 de noviembre, Morelos emitió un edicto suprimiendo la esclavitud, las castas y los fondos comunitarios. Sus actividades preocuparon al virrey, que envió a Francisco París a luchar contra él. París se comprometió con él el 8 de diciembre en El Veladero, pero fue rechazado.
El 3 de mayo de 1811, Morelos nombró a Hermenegildo Galeana como su teniente. El 26 de mayo, Morelos conquistó Tixtla, donde Vicente Guerrero se unió a él. Fue allí donde publicó un edicto sobre la emisión de moneda de cobre doméstica y escribió a Ignacio López Rayón sobre la formación de un consejo para la insurgencia. El 18 de diciembre, Mariano Matamoros se unió a él, y el 18 de febrero de 1812, Morelos casi cae en manos de Calleja en Cuautla. El 10 de agosto, Morelos llegó a Tehuacán, donde reorganizó y entrenó a sus tropas y tomó el control del movimiento rebelde. En septiembre del mismo año, nombró a Matamoros como segundo al mando y a Galeana como mariscal.
El 18 de octubre, Porlier y Luis del Águila derrotaron a Morelos en Ojo de Agua. Conquistó Orizaba en el vigésimo noveno, pero a su regreso a Tehuacán, Luis del Águila lo derrotó de nuevo en Puente Colorado en las Crestas de Acutzingo. Morelos tomó Oaxaca el 25 de noviembre y allí comenzó la publicación del periódico Sud. El 12 de abril de 1813 tomó Acapulco y el 31 de agosto se dirigió a Chilpancingo, donde el 14 de septiembre abrió el Congreso con la elección de diputados y la lectura de sus Sentimientos de la Nación. Al día siguiente, el Congreso lo eligió Comandante Supremo a cargo del poder ejecutivo y el 6 de noviembre emitió su Acta de Independencia.
El 23 de diciembre, Ciriaco de Llano y Agustín de Iturbide expulsaron a Morelos de los cerros de Santa María. Se retiró a Chupío y Puruarán, donde sufrió otra derrota. En Tlacotepec, el Congreso lo destituyó como Comandante Supremo. Sufrió otra derrota en Las Ánimas. Más tarde marchó sobre Tecpan y Acapulco, y el Congreso lo destituyó del poder ejecutivo el 14 de marzo de 1814. El 11 de octubre, Morelos se reunió con José María Cos en Santa Clara del Cobre. Continuó hasta Ario, perseguido por los realistas, y llegó a Apatzingán, donde el Congreso publicó su Decreto Constitucional para la Libertad de la América Mexicana.
El Congreso decidió trasladarse a Tehuacán debido a la persecución monárquica, y Morelos se encargó de sostenerla. El 28 de septiembre de 1815 partió hacia Huetamo, Cutzamala y Tlachapa, y el 2 de noviembre llegó a Atenango del Río. Al día siguiente, llegó a Temalaca y al quinto, cuando se dirigía hacia Pilcaya, fue atacado por Concha y hecho prisionero por Matías Carrasco, un ex insurgente. Llegó a la Ciudad de México el vigésimo segundo, y el vigésimo séptimo, fue declarado hereje y degradado en rango. El 20 de diciembre, Calleja lo condenó a muerte. Morelos fue baleado en San Cristóbal Ecatepec.
En 1828, la ciudad donde Morelos nació recibió el nombre de Morelia. En 1869, Benito Juárez decretó la fundación del estado que lleva su nombre. El 16 de septiembre de 1925, sus restos fueron llevados a la Columna de la Independencia.