Le Pen elogió el voto del Brexit en el Reino Unido en junio de 2016 y la elección de Donald Trump como presidente de los Estados Unidos en noviembre de 2016 como prueba de la creciente aceptación de sus principios. Trump había hecho campaña en una plataforma ampliamente antiestablecimiento, antiinmigración y antiislámica, y su éxito entre la clase media y los votantes rurales parecía un buen augurio para Le Pen antes de las elecciones presidenciales de Francia de 2017. El 23 de abril de 2017, Le Pen terminó segundo después de Emmanuel Macron, un centrista pro-UE que había servido como ministro de finanzas bajo Hollande, en la primera ronda de elecciones presidenciales.
Pocos días antes de la segunda ronda, los hackers publicaron decenas de miles de correos electrónicos internos de la campaña de Macron en lo que se describió como un esfuerzo «masivo y coordinado» para interrumpir las elecciones. Las empresas de ciberseguridad vincularon el ataque al mismo grupo afiliado al gobierno ruso que había sido responsable del hackeo del Partido Demócrata Estadounidense antes de las elecciones presidenciales de Estados Unidos de 2016. Sin embargo, las normas francesas de bloqueo de medios en las horas previas a la apertura de las urnas prohibieron efectivamente informar sobre el incidente, y Le Pen no obtuvo ningún beneficio sustancial de las filtraciones. Poco más del 75 por ciento de los votantes elegibles votaron en la segunda vuelta, la participación más baja de Francia en una elección presidencial en casi medio siglo. Además, unos cuatro millones de votantes, casi el 9 por ciento de los que acudieron a las urnas, optaron por emitir papeletas en blanco o nulas intencionalmente como protesta contra ambos candidatos. De las papeletas elegibles restantes, Le Pen capturó alrededor del 34 por ciento de los votos, casi el doble del total de su padre contra Jacques Chirac en la segunda ronda de las elecciones de 2002.
Aunque terminó en segundo lugar a distancia de Macron, una desafiante Le Pen declaró que el Frente Nacional se había convertido en el partido oficial de oposición a un gobierno dirigido por Macron. Esa declaración resultó estar lejos de ser cierta cuando se celebraron elecciones legislativas en junio de 2017. El Frente Nacional obtuvo solo ocho escaños, significativamente menos de lo que se había proyectado que ganara el partido. Le Pen ganó un escaño parlamentario por primera vez, representando a Hénin-Beaumont. La victoria significó que Le Pen tuvo que renunciar al escaño del Parlamento Europeo que había ocupado desde 2004. Apenas dos semanas después de su dimisión, fue puesta bajo investigación penal por las autoridades francesas por mal uso de fondos durante su tiempo como diputada al Parlamento Europeo. La Oficina Europea de Lucha contra el Fraude, un organismo de la UE encargado de investigar delitos económicos y corrupción relacionados con fondos de la UE, alegó que Le Pen había gastado indebidamente unos 5 millones de euros (5,4 millones de dólares) en actividades del partido Frente Nacional.