El mapeo de mezcla es un método de mapeo genético que utiliza una población de ascendencia mixta (una población mezclada) para encontrar los loci genéticos que contribuyen a las diferencias en enfermedades u otros fenotipos encontrados entre las diferentes poblaciones ancestrales. El método se aplica mejor a poblaciones con mezcla reciente de dos poblaciones que fueron aisladas genéticamente durante decenas de miles de años, como los afroamericanos y los europeos (mezcla de poblaciones africanas y europeas). El método intenta correlacionar el grado de ascendencia cerca de un locus genético con el fenotipo o enfermedad de interés. Se necesitan marcadores genéticos que difieran en frecuencia entre las poblaciones ancestrales en todo el genoma.
El mapeo de mezclas se basa en la suposición de que las diferencias en las tasas de enfermedad o fenotipos se deben en parte a diferencias en la frecuencia de variantes genéticas causantes de enfermedad o fenotipos entre poblaciones. En una población mezclada, estas variantes causales ocurren con más frecuencia en segmentos cromosómicos heredados de una u otra población ancestral. Las primeras exploraciones de mezcla se publicaron en 2005 y desde entonces se han mapeado los contribuyentes genéticos a una variedad de enfermedades y diferencias de rasgos. Estos incluyen hipertensión, esclerosis múltiple, IMC y cáncer de próstata en afroamericanos. Para 2010, se habían construido paneles cartográficos de alta densidad para afroamericanos, Latinos / Hispanos y uigures.