La pesca de arrastre de fondo destruye mucho más hábitat oceánico que cualquier otra práctica de pesca en la Costa Oeste. En este método de pesca, grandes redes pesadas se arrastran a través del fondo del océano, cortando una franja de hábitat a su paso. Algunas de estas cicatrices tardarán siglos en curarse, si es que alguna vez. Por ejemplo, se ha datado que los corales duros en Alaska tienen cientos o miles de años de antigüedad, y la datación por radio carbono en los corales de aguas profundas más antiguos conocidos indica que tienen 4.200 años de edad. Sin embargo, estos pilares del ecosistema pueden ser destruidos por un solo golpe de una red de arrastre de fondo.
Una red de arrastre de fondo consiste en una gran red cónica con una boca ancha y un pequeño extremo cerrado. La boca de una red de arrastre tiene dos puertas pesadas que sirven no solo para mantener la red abierta, sino también para mantener la red en el fondo del océano. Estas puertas pueden pesar varias toneladas. Además de las puertas pesadas, el fondo de la red es un cable de metal grueso (cuerda para los pies) tachonado con bolas de acero pesadas o bobinas de goma que aplastan efectivamente todo a su paso. A medida que la red se arrastra a lo largo del fondo marino, el hábitat vivo a su paso es aplastado, desgarrado o sofocado a medida que el fondo marino se voltea.
Según la Academia Nacional de Ciencias, la pesca de arrastre de fondo reduce la complejidad, la productividad y la biodiversidad de los hábitats bentónicos; el daño es más grave en áreas con corales y esponjas. Cuando es perturbado por la pesca de arrastre de fondo, hasta el 90 por ciento de una colonia de coral perece, y hasta dos tercios de las esponjas se dañan. Además, en estudios recientes de corales de aguas frías, una revisión de áreas dañadas siete años después reveló que no había ningún nuevo crecimiento. Incluso en hábitats de sedimentos blandos, la pesca de arrastre de fondo puede causar daños irreversibles. Un estudio de 2012 titulado «Arar los fondos marinos profundos» descubrió que la pesca de arrastre de fondo alteraba fundamentalmente la química y la geología de los hábitats de sedimentos blandos, afectando permanentemente la función biológica y la composición de estos ecosistemas.
El daño de la pesca de arrastre de fondo no se limita a la destrucción del hábitat. A medida que la red se arrastra por el fondo marino, todas las criaturas a su paso, peces, animales, mamíferos marinos, plantas y tortugas, se recogen en el camino. El buque pesquero conserva las especies comerciales objetivo y descarta los peces y animales no deseados restantes, prácticamente todos muertos o moribundos.
Una vez que se destruyen las comunidades de corales y esponjas, también pueden desaparecer los peces comerciales y otras especies que dependen de ellos para el desove, el refugio, los viveros, la protección y la alimentación. Además, las especies sobreexplotadas, como el pez roca y el cangrejo, pueden necesitar corales y otras estructuras del fondo marino para proporcionar un hábitat adecuado para la recuperación.
Es necesario y viable seguir aplicando medidas de conservación para garantizar que la pesca de arrastre de fondo no destruya los hábitats de corales y esponjas.