Después de un brote de una forma mutada de rabia que se propaga de los animales a los seres humanos, más de 7 mil millones de seres humanos están muertos o infectados. Las personas mordidas se vuelven rabiosas en 90 segundos. Morgan iba en un coche con su esposa Janet cuando fueron atacados. Estaba infectado, pero seguía siendo humano con la capacidad de hablar con los infectados.
Ahora con un gran grupo de civiles, científicos de los CDC y militares estadounidenses en una base nuclear subterránea, Morgan y el virólogo Dr. Gina Rose trae a los infectados y los interroga, con la esperanza de encontrar al Paciente Cero e idear una cura. Gina lucha con las tensiones entre ella, Morgan y el coronel Knox, agravadas por la atracción de Knox hacia Gina mientras ella tiene relaciones íntimas con Morgan. Mientras interroga a un infectado, a quien Morgan ha llamado Joe Cocker, Knox dispara al paciente.
Acercándose a encontrar al Paciente Cero, Morgan visita a Janet, que está enjaulada en la base subterránea. Está siendo tratada con un tratamiento experimental derivado de la sangre de Morgan. En un flashback, Morgan quería tener hijos con su esposa, mientras que ella no quería.
Gina se muestra con una prueba de embarazo positiva. Los cuerpos de soldados caídos están siendo incinerados cuando uno abre los ojos y ataca a los trabajadores y soldados. Él es sometido y pide hablar con Morgan, quien se sorprende de que el paciente no se vea afectado por la música que ha llevado a los otros infectados a la ira. El equipo asume que está estrechamente vinculado al Paciente Cero. El paciente revela que era profesor y que su escuela fue atacada por los infectados. Fue mordido, pero aún mantiene la mayoría de sus habilidades humanas. El profesor le dice a Morgan que los infectados son humanos evolucionados, una especie más avanzada que se encuentra en la parte superior de la cadena alimentaria, que se está reduciendo rápidamente. Morgan descubre que otro de los pacientes, a quien Morgan había llamado Pete Townshend, tiene un transmisor dentro de su pecho, revelando que los infectados pusieron una trampa para saber dónde está la base.
El enjambre infectado dentro, matando o infectando a todos los humanos. Knox dispara a su comandante para que los infectados disminuyan la velocidad el tiempo suficiente para que él y Gina lleguen al ascensor. Ella agarra su arma y le dice que es un monstruo por hacer eso. Trata de decirle que quería salvarle la vida. Comienzan a pelearse y el arma se dispara, matando a Knox. Gina va a las celdas donde se guardan los infectados, y encuentra a Morgan liberando a Janet. Gina le ruega que deje a Janet ya que los tratamientos funcionan, pero solo por un corto período de tiempo, pero él se niega. Se escabullen al laboratorio de Gina, recuperan sus muestras y se arrastran por los conductos de ventilación. Se encuentran con una rata de laboratorio infectada, que Janet mata antes de que pueda llegar a Gina. Llegan al estacionamiento justo debajo del nivel del suelo.
El Profesor se enfrenta a ellos y les explica que vino a la base para matar a Morgan. Morgan es su «Paciente Cero» y es una amenaza para su supervivencia. Se pelean y el Profesor comienza a llamar a otros infectados, hasta que Morgan lo empala en una tubería. El trío huye hasta que Janet les dice que corran y ella les dará tiempo, diciéndole a Morgan que debe dejarla para salvar al bebé, ya que sintió que Gina está embarazada. Esto distrae a Morgan el tiempo suficiente para que Janet cierre una puerta de bóveda pesada justo a tiempo para detener a la horda. A través de una ventana en la puerta, Janet se limpia una lágrima de su cara, indicando que ahora era capaz de llorar y que el tratamiento estaba funcionando y restaurando su humanidad, y dice «Te amo».
Morgan y Gina siguen el túnel hasta el bosque y encuentran una motocicleta. Cabalgan hacia la noche con Morgan entendiendo que debe hacer lo que sea necesario para cuidar a su bebé y salvar a algún remanente de la raza humana.